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万見
- PDB-7bg8: KBV activated particle at acidic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bg8
タイトルKBV activated particle at acidic pH
要素(Structural polyprotein) x 4
キーワードVIRUS (ウイルス) / Viruses (ウイルス) / Riboviria (リボウィリア) / Orthornavirae (オルソルナウイルス界) / Pisuviricota / Pisoniviricetes / Picornavirales (ピコルナウイルス目) / Dicistroviridae / Aparavirus / Kashmir Bee Virus (腐蛆病)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Kashmir bee virus (腐蛆病)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Mukhamedova, L. / Plevka, P. / Fuzik, T. / Hrebik, D.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2011033 チェコ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Virion structure and genome release mechanism of dicistrovirus Kashmir bee virus.
著者: Liya Mukhamedova / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Dominik Hrebík / Antonín Přidal / Gerardo A Marti / Diego M A Guérin / Pavel Plevka /
要旨: Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number ...Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number of honeybee colonies in North America, Europe, Australia, and other parts of the world. Despite the economic and ecological impact of KBV, its structure and infection process remain unknown. Here we present the structure of the virion of KBV determined to a resolution of 2.8 Å. We show that the exposure of KBV to acidic pH induces a reduction in inter-pentamer contacts within capsids and the reorganization of its RNA genome from a uniform distribution to regions of high and low density. Capsids of KBV crack into pieces at acidic pH, resulting in the formation of open particles lacking pentamers of capsid proteins. The large openings of capsids enable the rapid release of genomes and thus limit the probability of their degradation by RNases. The opening of capsids may be a shared mechanism for the genome release of viruses from the family The western honeybee () is indispensable for maintaining agricultural productivity as well as the abundance and diversity of wild flowering plants. However, bees suffer from environmental pollution, parasites, and pathogens, including viruses. Outbreaks of virus infections cause the deaths of individual honeybees as well as collapses of whole colonies. Kashmir bee virus has been associated with colony collapse disorder in the US, and no cure of the disease is currently available. Here we report the structure of an infectious particle of Kashmir bee virus and show how its protein capsid opens to release the genome. Our structural characterization of the infection process determined that therapeutic compounds stabilizing contacts between pentamers of capsid proteins could prevent the genome release of the virus.
履歴
登録2021年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12173
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12173
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9604
ポリマ－98,9604
非ポリマー00
水0
1
A: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,937,570240
ポリマ－5,937,570240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Structural polyprotein


分子量: 23807.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (腐蛆病) / 参照: UniProt: Q80AG2
#2: タンパク質 Structural polyprotein


分子量: 33335.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (腐蛆病) / 参照: UniProt: Q80AG2
#3: タンパク質 Structural polyprotein


分子量: 34750.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (腐蛆病) / 参照: UniProt: Q80AG2
#4: タンパク質 Structural polyprotein


分子量: 7066.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kashmir bee virus (腐蛆病) / 参照: UniProt: Q6SQI6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: TISSUE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Kashmir bee virus腐蛆病 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 5.932 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Kashmir bee virus (腐蛆病)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Apis mellifera
ウイルス殻名称: Full virus / 直径: 350 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 6
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Calibrated defocus min: 214 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4134 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 108.15 K / 最低温度: 103.15 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 94 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8193
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.18.2_3874: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.6CTF補正
7PHENIX1.18.2モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 794 / 詳細: I4 symmetry implemented. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 45.18 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross- correlation
原子モデル構築PDB-ID: 5CDC

5cdc

精密化解像度: 3.9→96.59 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 48.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4266 1671 1.17 %
Rwork0.4018 --
obs0.4021 142224 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00728340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69538695
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.07210280
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0444330
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.010.5711420.51511643ELECTRON MICROSCOPY100
4.01-4.140.52271380.470811587ELECTRON MICROSCOPY100
4.14-4.290.40471390.438711690ELECTRON MICROSCOPY100
4.29-4.460.52431330.419511639ELECTRON MICROSCOPY100
4.46-4.670.44631390.409811648ELECTRON MICROSCOPY100
4.67-4.910.3821370.402111679ELECTRON MICROSCOPY100
4.91-5.220.4341390.395311687ELECTRON MICROSCOPY100
5.22-5.620.41451380.391711703ELECTRON MICROSCOPY100
5.62-6.190.50681410.41811714ELECTRON MICROSCOPY100
6.19-7.090.45111420.410211763ELECTRON MICROSCOPY100
7.09-8.920.42961400.368211798ELECTRON MICROSCOPY100
8.93-96.590.30361430.327712002ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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