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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bcs | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | ASCT2 in the presence of the inhibitor Lc-BPE (position "down") in the outward-open conformation. | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Neutral amino acid transporter B(0) | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Solute carrier transporter / homology modeling / cancer metabolism / glutamine deprivation / cryo-EM | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane ...glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / antiporter activity / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / melanosome / virus receptor activity / signaling receptor activity / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Garibsingh, R.A. / Ndaru, E. / Garaeva, A.A. / Shi, Y. / Zielewicz, L. / Bonomi, M. / Slotboom, D.J. / Paulino, C. / Grewer, C. / Schlessinger, A. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | オランダ, 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Rational design of ASCT2 inhibitors using an integrated experimental-computational approach. 著者: Rachel-Ann A Garibsingh / Elias Ndaru / Alisa A Garaeva / Yueyue Shi / Laura Zielewicz / Paul Zakrepine / Massimiliano Bonomi / Dirk J Slotboom / Cristina Paulino / Christof Grewer / Avner Schlessinger / 要旨: ASCT2 (SLC1A5) is a sodium-dependent neutral amino acid transporter that controls amino acid homeostasis in peripheral tissues. In cancer, ASCT2 is up-regulated where it modulates intracellular ...ASCT2 (SLC1A5) is a sodium-dependent neutral amino acid transporter that controls amino acid homeostasis in peripheral tissues. In cancer, ASCT2 is up-regulated where it modulates intracellular glutamine levels, fueling cell proliferation. Nutrient deprivation via ASCT2 inhibition provides a potential strategy for cancer therapy. Here, we rationally designed stereospecific inhibitors exploiting specific subpockets in the substrate binding site using computational modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). The final structures combined with molecular dynamics simulations reveal multiple pharmacologically relevant conformations in the ASCT2 binding site as well as a previously unknown mechanism of stereospecific inhibition. Furthermore, this integrated analysis guided the design of a series of unique ASCT2 inhibitors. Our results provide a framework for future development of cancer therapeutics targeting nutrient transport via ASCT2, as well as demonstrate the utility of combining computational modeling and cryo-EM for solute carrier ligand discovery. #1: ジャーナル: Biorxiv タイトル: Structural basis for stereospecific inhibition of ASCT2 from rational design 著者: Garibsingh, R.A. / Ndaru, E. / Garaeva, A.A. / Shi, Y. / Zielewicz, L. / Bonomi, M. / Slotboom, D.J. / Paulino, C. / Grewer, C. / Schlessinger, A. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bcs.cif.gz | 420.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bcs.ent.gz | 348 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bcs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bcs_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bcs_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bcs_validation.xml.gz | 43.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bcs_validation.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56638.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q15758 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ASCT2 in the presence of the inhibitor Lc-BPE / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 200 mM NaCl |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: at 5mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 49407 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6233 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3666842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 300899 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MPB Accession code: 6MPB / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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