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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b5f | ||||||
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タイトル | Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / complex / echovirus 18 virion / neonatal fc receptor / fcrn / beta-2-microglobulin / microglobulin / pocket factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / cytoplasmic vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / endocytosis involved in viral entry into host cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / nucleoside-triphosphate phosphatase / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / protein complex oligomerization / early endosome membrane / late endosome membrane / monoatomic ion channel activity / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / DNA replication / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / RNA helicase activity / endosome membrane / induction by virus of host autophagy / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / focal adhesion / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Echovirus E18 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Buchta, D. / Levdansky, Y. / Fuzik, T. / Mukhamedova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Andersen, J.T. / Plevka, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor 著者: Buchta, D. / Levdansky, Y. / Fuzik, T. / Mukhamedova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Andersen, J.T. / Plevka, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b5f.cif.gz | 185.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b5f.ent.gz | 140.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b5f_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b5f_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b5f_validation.xml.gz | 52.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b5f_validation.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Echovirus 18 viral protein ... , 4種, 4分子 CDAB
#1: タンパク質 | 分子量: 26143.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney 参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7475.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 器官: Kidney 参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 32564.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney 参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 28802.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney 参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GH
#5: タンパク質 | 分子量: 29720.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P55899 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P61769 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#7: 化合物 | ChemComp-PLM / |
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#8: 化合物 | ChemComp-GUN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: homo sapiens / 株: echovirus 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 詳細: Mixed in 1:1 volume ratio {20 mM Tris (pH=7.2), 100 mM NaCl} and {8 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 (pH=7.4), 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl}=PBS | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.27 sec. / 電子線照射量: 54.48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 4531 / 詳細: Images were collected in movie-mode at 50 frames. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.13_2992: ???) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 125031 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13062 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 手法: flexible fit / Target criteria: R-factors | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.9→233.42 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 34.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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