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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aoi | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondria / translation / trypanosoma / assembly / evolution / large subunit | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / mitochondrial translation / : ...pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / mitochondrial translation / : / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / large ribosomal subunit / protein folding / RNA helicase activity / rRNA binding / hydrolase activity / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tobiasson, V. / Gahura, O. / Aibara, S. / Baradaran, R. / Zikova, A. / Amunts, A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, チェコ, 6件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Interconnected assembly factors regulate the biogenesis of mitoribosomal large subunit. 著者: Victor Tobiasson / Ondřej Gahura / Shintaro Aibara / Rozbeh Baradaran / Alena Zíková / Alexey Amunts / 要旨: Mitoribosomes consist of ribosomal RNA and protein components, coordinated assembly of which is critical for function. We used mitoribosomes from Trypanosoma brucei with reduced RNA and increased ...Mitoribosomes consist of ribosomal RNA and protein components, coordinated assembly of which is critical for function. We used mitoribosomes from Trypanosoma brucei with reduced RNA and increased protein mass to provide insights into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit. Structural characterization of a stable assembly intermediate revealed 22 assembly factors, some of which have orthologues/counterparts/homologues in mammalian genomes. These assembly factors form a protein network that spans a distance of 180 Å, shielding the ribosomal RNA surface. The central protuberance and L7/L12 stalk are not assembled entirely and require removal of assembly factors and remodeling of the mitoribosomal proteins to become functional. The conserved proteins GTPBP7 and mt-EngA are bound together at the subunit interface in proximity to the peptidyl transferase center. A mitochondrial acyl-carrier protein plays a role in docking the L1 stalk, which needs to be repositioned during maturation. Additional enzymatically deactivated factors scaffold the assembly while the exit tunnel is blocked. Together, this extensive network of accessory factors stabilizes the immature sites and connects the functionally important regions of the mitoribosomal large subunit. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aoi.cif.gz | 3.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aoi.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7aoi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aoi_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7aoi_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7aoi_validation.xml.gz | 393.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aoi_validation.cif.gz | 652 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aoi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 58種, 59分子 A1A2A3A5A8AIAPATAUAYAeAfAlAoApAtAvBABBBDBEBFBHBJBKBLBNBOBRBS...
-RNA鎖 , 1種, 1分子 AA
#6: RNA鎖 | 分子量: 242538.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
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-Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 AEAFAKAVAWAX
#7: タンパク質 | 分子量: 42538.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q580R4 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 51178.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTM7 |
#10: タンパク質 | 分子量: 29590.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LEQ0 |
#16: タンパク質 | 分子量: 20182.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LA68 |
#17: タンパク質 | 分子量: 31952.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L4Z4 |
#18: タンパク質 | 分子量: 19685.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KW11 |
-50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 ANARXG
#11: タンパク質 | 分子量: 20327.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LAE5 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 30480.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LAG5 |
#70: タンパク質 | 分子量: 19559.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LE16 |
-Mitochondrial ... , 2種, 2分子 AgBI
#22: タンパク質 | 分子量: 22110.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LCE5 |
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#34: タンパク質 | 分子量: 37503.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KZH2 |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BQBZ
#40: タンパク質 | 分子量: 20286.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57WF8, peptidylprolyl isomerase |
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#47: タンパク質 | 分子量: 20411.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KTB1, peptidylprolyl isomerase |
-タンパク質・ペプチド , 10種, 10分子 UAUBUCUDUEUGUHUIUJUK
#54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3287.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
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#55: タンパク質・ペプチド | 分子量: 657.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1013.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#57: タンパク質・ペプチド | 分子量: 586.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#58: タンパク質・ペプチド | 分子量: 870.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#60: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1368.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#61: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1226.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#62: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2790.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#63: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1794.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
#64: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3358.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
-非ポリマー , 6種, 10分子
#83: 化合物 | ChemComp-FES / | ||||||
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#84: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||
#85: 化合物 | ChemComp-ZN / #86: 化合物 | ChemComp-MG / | #87: 化合物 | ChemComp-ADP / | #88: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.23 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 細胞内の位置: Mitochondrial Matrix / Organelle: Mitochondrion |
緩衝液 | pH: 7.45 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32300 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |