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- PDB-7ajt: Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ajt
タイトルCryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 17
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • (Nucleolar protein ...) x 2
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 3
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 2
  • (rRNA-processing protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 18S rRNA
  • 5'ETS RNA
  • ATP-dependent RNA helicase DOB1
  • Bud site selection protein 21
  • Essential nuclear protein 1
  • Exosome complex exonuclease DIS3
  • KRR1 small subunit processome component
  • NET1-associated nuclear protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Protein BFR2
  • Protein FAF1
  • Protein SOF1
  • RNA
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • Regulator of rDNA transcription protein 14
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Something about silencing protein 10
  • U3 snoRNA
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • rRNA biogenesis protein RRP5
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis / Exosome / 90S pre-ribosome / A1 cleavage / Mtr4
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / mRNA modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process ...nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / mRNA modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA acetylation / box H/ACA snoRNA binding / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / tRNA wobble cytosine modification / rRNA 2'-O-methylation / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / CURI complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear exosome (RNase complex) / UTP-C complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear microtubule / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / regulation of rRNA processing / U4 snRNA 3'-end processing / histone H2AQ104 methyltransferase activity / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / : / 3'-5' RNA helicase activity / snRNA binding / positive regulation of RNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / septum digestion after cytokinesis / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / tRNA export from nucleus / rDNA heterochromatin / rRNA catabolic process / nonfunctional rRNA decay / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of rRNA processing / poly(A) binding / U4/U6 snRNP / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / 90S preribosome assembly / rRNA base methylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / O-methyltransferase activity / SUMOylation of RNA binding proteins / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / protein localization to nucleolus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / U4 snRNA binding / poly(U) RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / RNA catabolic process / rRNA methylation / U4 snRNP / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / U3 snoRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / snoRNA binding / rRNA metabolic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / precatalytic spliceosome / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of rDNA transcription 14 / : / Regular of rDNA transcription protein 14 / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 ...Regulator of rDNA transcription 14 / : / Regular of rDNA transcription protein 14 / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / PIN domain / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / NUC153 domain / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Rrp44-like cold shock domain / Utp8, N-terminal beta propeller / Rrp44-like cold shock domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / KH domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / : / : / : / Helicase / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NOL6/Upt22 / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / Nrap protein domain 1 / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / BING4CT (NUC141) domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / Exosome complex component RRP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Regulator of rDNA transcription protein 14 / Protein FAF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Exosome complex component SKI6 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Exosome complex component MTR3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / Exosome complex component RRP46 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Exosome complex component CSL4 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / Exosome complex component RRP45 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / Protein BFR2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Exosome complex component RRP42 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Cheng, J. / Lau, B. / Flemming, D. / Venuta, G.L. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Hurt, E.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of the Maturing 90S Pre-ribosome in Association with the RNA Exosome.
著者: Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Dirk Flemming / Giuseppe La Venuta / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in ...Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in this progression is removal of the 5' external transcribed spacer (5'-ETS), an RNA extension at the 18S rRNA that is integrated into the huge 90S pre-ribosome structure. Upon endo-nucleolytic cleavage at an internal site, A, the 5'-ETS is separated from the 18S rRNA and degraded. Here we present biochemical and cryo-electron microscopy analyses that depict the RNA exosome, a major 3'-5' exoribonuclease complex, in a super-complex with the 90S pre-ribosome. The exosome is docked to the 90S through its co-factor Mtr4 helicase, a processive RNA duplex-dismantling helicase, which strategically positions the exosome at the base of 5'-ETS helices H9-H9', which are dislodged in our 90S-exosome structures. These findings suggest a direct role of the exosome in structural remodeling of the 90S pre-ribosome to drive eukaryotic ribosome synthesis.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-11807
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CA: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
DA: 40S ribosomal protein S1-A
JA: RNA cytidine acetyltransferase
UA: Periodic tryptophan protein 2
CB: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
JB: RNA cytidine acetyltransferase
UB: Nucleolar complex protein 14
UC: Something about silencing protein 10
UD: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4
UE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5
UF: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6
UG: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
UH: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8
UI: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9
UJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
UK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
UL: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
UM: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
UN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
UO: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15
UP: Bud site selection protein 21
UQ: NET1-associated nuclear protein 1
UR: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
US: Nucleolar complex protein 4
UT: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20
UU: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
UV: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
UX: rRNA-processing protein FCF1
UZ: Ribosome biogenesis protein UTP30
CD: Nucleolar protein 56
CE: Nucleolar protein 58
CF: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
CG: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
CH: Ribosomal RNA-processing protein 9
CI: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
CJ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
CK: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
CL: Ribosome biogenesis protein BMS1
CM: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
CN: Ribosomal RNA-processing protein 7
JC: Ribosome biogenesis protein ENP2
JF: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JG: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JH: Essential nuclear protein 1
JI: rRNA biogenesis protein RRP5
JJ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
JK: Protein BFR2
JM: rRNA-processing protein FCF2
JN: Protein FAF1
JO: KRR1 small subunit processome component
JP: Protein SOF1
JQ: Regulator of rDNA transcription protein 14
DE: 40S ribosomal protein S4-A
DF: 40S ribosomal protein S5
DG: 40S ribosomal protein S6-A
DH: 40S ribosomal protein S7-A
DI: 40S ribosomal protein S8-A
DJ: 40S ribosomal protein S9-A
DL: 40S ribosomal protein S11-A
DN: 40S ribosomal protein S13
DO: 40S ribosomal protein S14-A
DQ: 40S ribosomal protein S16-A
DS: 40S ribosomal protein S18-A
DW: 40S ribosomal protein S22-A
DX: 40S ribosomal protein S23-A
DY: 40S ribosomal protein S24-A
Db: 40S ribosomal protein S27-A
Dc: 40S ribosomal protein S28-A
D2: 5'ETS RNA
D3: 18S rRNA
D4: U3 snoRNA
EA: RNA
EB: Exosome complex component RRP45
EC: Exosome complex component SKI6
ED: Exosome complex component RRP43
EE: Exosome complex component RRP46
EF: Exosome complex component RRP42
EG: Exosome complex component MTR3
EH: Exosome complex component RRP40
EI: Exosome complex component RRP4
EJ: Exosome complex component CSL4
EK: Exosome complex exonuclease DIS3
EN: ATP-dependent RNA helicase DOB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,393,94590
ポリマ－5,393,15383
非ポリマー7927
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 19種, 23分子 CACBJAJBUAUCUPUQCFCGCMJFJGJHJIJJJKJNJOJPJQEKEN

#1: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine ...18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine acetyltransferase 1


分子量: 119509.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P53914, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#4: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 104097.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25635
#6: タンパク質 Something about silencing protein 10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12136
#19: タンパク質 Bud site selection protein 21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16


分子量: 24431.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08492
#20: タンパク質 NET1-associated nuclear protein 1 / U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA- ...U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA-associated protein 17 / U3 snoRNA-associated protein 17


分子量: 101341.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02931
#30: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39990
#36: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096
#39: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#40: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333
#41: タンパク質 rRNA biogenesis protein RRP5 / Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA- ...Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA-associated protein RRP5


分子量: 193411.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05022
#42: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99216
#43: タンパク質 Protein BFR2 / Brefeldin A resistance protein 2


分子量: 61285.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06631
#45: タンパク質 Protein FAF1 / Forty S assembly factor


分子量: 38961.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40546
#46: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25586
#47: タンパク質 Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1


分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33750
#48: タンパク質 Regulator of rDNA transcription protein 14


分子量: 23898.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40470
#78: タンパク質 Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 113855.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#79: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DOB1 / mRNA transport regulator MTR4


分子量: 122260.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47047, RNA helicase

+
40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 DADEDFDGDHDIDJDLDNDODQDSDWDXDYDbDc

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9

+
Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 UBUS

#5: タンパク質 Nucleolar complex protein 14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2


分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99207
#22: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19


分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06512

+
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 UDUEUFUGUHUIUJUKULUMUNUOURUTUUUVCK

#7: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / U3 snoRNA-associated protein 4 / U three protein 4 / U3 protein 4 required for transcription / t-UTP4


分子量: 87909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06679
#8: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5


分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04177
#9: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 snoRNA-associated protein 6 / U three protein 6


分子量: 52495.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02354
#10: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7


分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40055
#11: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 snoRNA-associated protein 8 / U three protein 8 / U3 protein 8 required for transcription / t-UTP8


分子量: 80269.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53276
#12: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / U3 snoRNA-associated protein 9 / U three protein 9 / U3 protein 9 required for transcription / t-UTP9


分子量: 65347.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38882
#13: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10


分子量: 200298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42945
#14: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / U three protein 11


分子量: 29806.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34247
#15: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / U3 snoRNA-associated protein 12 / DOM34-interacting protein 2 / U three protein 12


分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12220
#16: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13


分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05946
#17: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14


分子量: 103189.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04500
#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04305
#21: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40362
#23: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 snoRNA-associated protein 20 / U three protein 20


分子量: 287915.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35194
#24: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06078
#25: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22


分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53254
#34: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083

+
RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 UXJM

#26: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498
#44: タンパク質 rRNA-processing protein FCF2 / FAF1 copurifying factor 2


分子量: 25689.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12035

+
Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 UZCLJC

#27: タンパク質 Ribosome biogenesis protein UTP30 / U3 snoRNP-associated protein UTP30


分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36144
#35: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965
#38: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ENP2 / Essential nuclear protein 2


分子量: 81864.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48234

+
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 CDCE

#28: タンパク質 Nucleolar protein 56 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1


分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12460
#29: タンパク質 Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5


分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12499

+
Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 CHCN

#31: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06506
#37: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7


分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25368

+
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 2種, 2分子 CICJ

#32: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32899
#33: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941

+
RNA鎖 , 4種, 4分子 D2D3D4EA

#65: RNA鎖 5'ETS RNA


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#66: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 582381.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#67: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#68: RNA鎖 RNA


分子量: 6851.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 EBECEDEEEFEGEHEIEJ

#69: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05636
#70: タンパク質 Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 27599.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P46948
#71: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 44093.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25359
#72: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 24430.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53256
#73: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29294.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP42, YDL111C
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12277
#74: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27589.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48240
#75: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26583.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08285
#76: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39470.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38792
#77: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 31619.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53859

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非ポリマー , 3種, 7分子

#80: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#81: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#82: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S-exosome super-complex in state Pre-A1-exosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6024 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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