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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ahq | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of F-actin stabilized by trans-optoJASP-8 | |||||||||
![]() | Actin, alpha skeletal muscle | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeleton / jasplakinolide / azobenzene photoswitch / stabilized-actin filament | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Pospich, S. / Raunser, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Resolves Molecular Recognition Of An Optojasp Photoswitch Bound To Actin Filaments In Both Switch States. 著者: Sabrina Pospich / Florian Küllmer / Veselin Nasufović / Johanna Funk / Alexander Belyy / Peter Bieling / Hans-Dieter Arndt / Stefan Raunser / ![]() 要旨: Actin is essential for key processes in all eukaryotic cells. Cellpermeable optojasps provide spatiotemporal control of the actin cytoskeleton, confining toxicity and potentially rendering F-actin ...Actin is essential for key processes in all eukaryotic cells. Cellpermeable optojasps provide spatiotemporal control of the actin cytoskeleton, confining toxicity and potentially rendering F-actin druggable by photopharmacology. Here, we report cryo electron microscopy (cryo-EM) structures of both isomeric states of one optojasp bound to actin filaments. The high-resolution structures reveal for the first time the pronounced effects of photoswitching a functionalized azobenzene. By characterizing the optojasp binding site and identifying conformational changes within F-actin that depend on the optojasp isomeric state, we refine determinants for the design of functional F-actin photoswitches. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 79.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-RLZ / ~{ 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Filamentous alpha actin stabilized by trans-optoJASP-8 in complex with ADP-Pi タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 0.7 %(v/v) DMSO, 0.02 %(v/w) Tween 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Rise 27.5 A, Twist -166.6 degrees | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K 詳細: 1.5 mul sample, automatic blotting for 7-7.5s, blot force -25, drain time 1s. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs-corrected |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 92 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7178 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Cs-corrected |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1008519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 667688 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: An initial model of trans-optoJASP-8 was generated using elBow within Phenix inputting the SMILES string. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OOD PDB chain-ID: C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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