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- PDB-7ae3: Cryo-EM structure of human RNA Polymerase III elongation complex 3 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ae3

タイトル

Cryo-EM structure of human RNA Polymerase III elongation complex 3

要素

(DNA-directed RNA polymerase III subunit ...) x 10
(DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
(DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
Non-template DNA
RNA
Template DNA

キーワード

TRANSCRIPTION / HUMAN / SHORT RNAs

機能・相同性

機能・相同性情報

snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA ...snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nucleobase-containing compound metabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / termination of RNA polymerase III transcription / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / neuropeptide signaling pathway / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA polymerase II activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of interferon-beta production / mRNA Splicing - Major Pathway / acrosomal vesicle / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / protein-DNA complex / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / ribonucleoside binding / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / nuclear body / protein stabilization / protein dimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / nucleotide binding / centrosome / DNA-templated transcription / chromatin binding / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal ...DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase Rpc34 subunit / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Girbig, M. / Misiaszek, A.D. / Vorlaender, M.K. / Mueller, C.W.

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of human RNA polymerase III in its unbound and transcribing states.
著者: Mathias Girbig / Agata D Misiaszek / Matthias K Vorländer / Aleix Lafita / Helga Grötsch / Florence Baudin / Alex Bateman / Christoph W Müller /

要旨: RNA polymerase III (Pol III) synthesizes transfer RNAs and other short, essential RNAs. Human Pol III misregulation is linked to tumor transformation, neurodegenerative and developmental disorders, ...

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

B: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

D: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

G: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

M: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

N: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

O: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

P: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

Q: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

R: RNA

S: Non-template DNA

T: Template DNA

ヘテロ分子

744 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 10種, 10分子 ABDGIMNOPQ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA ...RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA polymerase III subunit A / RNA polymerase III 155 kDa subunit / RPC155 / RNA polymerase III subunit C160 分子量: 155860.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14802, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase III subunit B 分子量: 127953.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW08, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit C9 / Calcitonin gene-related peptide-receptor component protein / HsC17 分子量: 16893.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75575
#7: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III ...RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III subunit 22.9 kDa subunit / RPC22.9 分子量: 22938.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y535
#9: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12. ...RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12.5 kDa subunit / RPC12.5 / RNA polymerase III subunit C11 / hRPC11 分子量: 12354.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Y1
#13: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 80 kDa polypeptide 分子量: 80004.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVU0
#14: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA ...RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA polymerase III 47 kDa subunit / RPC53 homolog 分子量: 44471.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05423
#15: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 ...RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 kDa subunit / RPC62 分子量: 60692.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUI4
#16: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 ...RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 kDa subunit / RPC39 分子量: 35726.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1D9
#17: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 ...RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 kDa apha subunit / RPC32-alpha / RNA polymerase III 32 kDa subunit / RPC32 分子量: 25953.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15318

-
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / RPA40 / RPA39 / RPC40 分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160
#11: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA polymerase I 16 kDa subunit / RPA16 / RPC16 / hRPA19 分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

#3: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...

分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160

#11: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...

分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog / XAP4 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388
#6: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218
#8: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / RPB8 homolog / hRPB8 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434
#10: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA polymerase II 7.6 kDa subunit / RPB7.6 / RPB10 homolog 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875
#12: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#18: RNA鎖	RNA 分子量: 6084.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 ST

#19: DNA鎖	Non-template DNA 分子量: 14102.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖	Template DNA 分子量: 14254.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#21: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#22: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Human RNA Polymerase III Elongation Complex 3	COMPLEX	#1-#20	0	MULTIPLE SOURCES
2	Human RNA Polymerase III Elongation Complex	COMPLEX	#1-#17	1	NATURAL
3	RNA, DNA	COMPLEX	#18-#20	1	RECOMBINANT

分子量

値: 0.776 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID	株
2	2	Homo sapiens (ヒト)	9606	HEK293F
3	3	synthetic construct (人工物)	32630

由来(組換発現)

生物種: synthetic construct (人工物)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	15 mM	HEPES	1
2	150 mM	ammonium sulfate	1
3	5 mM	magnesium chloride	1
4	10 mM	DTT	1
5	4 mM	CHAPSO	1

試料

濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Wait time 10 s Blot force 4 Blot time 4 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40.4 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 0.92/v8 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	Warp	1.0.6	粒子像選択
2	SerialEM		画像取得	Image acquisition
4	Warp	1.0.6	CTF補正
5	RELION	3.1	CTF補正
8	Coot	0.8.9.1	モデルフィッティング
10	RELION	3.1	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1	分類
13	RELION	3.1	３次元再構成
14	PHENIX	1.13	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 367717

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30525 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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