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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7abz | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / Trans-translation / tmRNA / SmpB / Ribosome | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-translation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational elongation ...trans-translation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational elongation / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Guyomar, C. / D'Urso, G. / Chat, S. / Giudice, E. / Gillet, R. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structures of tmRNA and SmpB as they transit through the ribosome. 著者: Charlotte Guyomar / Gaetano D'Urso / Sophie Chat / Emmanuel Giudice / Reynald Gillet / 要旨: In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), ...In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), a hybrid RNA known to have both a tRNA-like and an mRNA-like domain. Here we present four cryo-EM structures of the ribosome during trans-translation at resolutions from 3.0 to 3.4 Å. These include the high-resolution structure of the whole pre-accommodated state, as well as structures of the accommodated state, the translocated state, and a translocation intermediate. Together, they shed light on the movements of the tmRNA-SmpB complex in the ribosome, from its delivery by the elongation factor EF-Tu to its passage through the ribosomal A and P sites after the opening of the B1 bridges. Additionally, we describe the interactions between the tmRNA-SmpB complex and the ribosome. These explain why the process does not interfere with canonical translation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7abz.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7abz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7abz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7abz_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7abz_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7abz_validation.xml.gz | 238.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7abz_validation.cif.gz | 399 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 123478
#1: RNA鎖 | 分子量: 941832.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 499215.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 117212.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ssrA / プラスミド: pBSTNAV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101tr |
#7: RNA鎖 | 分子量: 24745.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sigma-Aldrich / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 4889.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 56
#5: タンパク質 | 分子量: 16776.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: smpB, smqB, b2620, JW2601 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): delta ssrA / 参照: UniProt: P0A832 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 43370.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: tufB, b3980, JW3943 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CE48 |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXYZbcdef
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ghijklmnopqrstuvwxyz
#39: タンパク質 | 分子量: 24971.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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#40: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#41: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#42: タンパク質 | 分子量: 17659.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#44: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#46: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#47: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#48: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#49: タンパク質 | 分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: modified residue position 88 (3S)-3-(methylsulfanyl)-L-aspartic acid 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#50: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#51: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#52: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#53: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#54: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#55: タンパク質 | 分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#56: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#57: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#58: タンパク質 | 分子量: 6629.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
-非ポリマー , 4種, 195分子
#59: 化合物 | ChemComp-MG / #60: 化合物 | ChemComp-KIR / | #61: 化合物 | ChemComp-GDP / | #62: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 10mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4343 / 実像数: 59016 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 59016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18452 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YBB Accession code: 4YBB / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 142.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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