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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a5p | |||||||||
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タイトル | Human C Complex Spliceosome - Medium-resolution PERIPHERY | |||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / human C complex / spliceosome / hC / human step 1 spliceosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 striated muscle dense body / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-spliceosomal complex / cellular response to selenite ion / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...striated muscle dense body / exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-spliceosomal complex / cellular response to selenite ion / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / selenocysteine insertion sequence binding / U7 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulation of mRNA processing / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Deadenylation of mRNA / embryonic brain development / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / protein methylation / methylosome / U12-type spliceosomal complex / nuclear retinoic acid receptor binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Prp19 complex / poly(A) binding / U1 snRNP binding / mRNA 3'-end processing / embryonic cranial skeleton morphogenesis / pICln-Sm protein complex / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / SMN-Sm protein complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / positive regulation by host of viral transcription / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / commitment complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / nuclear vitamin D receptor binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / Notch binding / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U4 snRNP / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exploration behavior / muscle organ development / U1 snRNP / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / lipid biosynthetic process / positive regulation of neurogenesis / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cyclosporin A binding / nuclear androgen receptor binding / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Notch-HLH transcription pathway / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / SMAD binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / associative learning / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein K63-linked ubiquitination / blastocyst development / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / proteasomal protein catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bertram, K. / Kastner, B. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into the Roles of Metazoan-Specific Splicing Factors in the Human Step 1 Spliceosome. 著者: Karl Bertram / Leyla El Ayoubi / Olexandr Dybkov / Dmitry E Agafonov / Cindy L Will / Klaus Hartmuth / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann / 要旨: Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core ...Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core resolution and 4.5-5.7 Å at its periphery, and aided by protein crosslinking we determine its molecular architecture. Our structure provides additional insights into the spliceosome's architecture between the catalytic steps of splicing, and how proteins aid formation of the spliceosome's catalytically active RNP (ribonucleoprotein) conformation. It reveals the spatial organization of the metazoan-specific proteins PPWD1, WDR70, FRG1, and CIR1 in human C complexes, indicating they stabilize functionally important protein domains and RNA structures rearranged/repositioned during the B to C transition. Structural comparisons with human B, C, and P complexes reveal an intricate cascade of RNP rearrangements during splicing catalysis, with intermediate RNP conformations not found in yeast, and additionally elucidate the structural basis for the sequential recruitment of metazoan-specific spliceosomal proteins. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 7a5p.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a5p.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 7a5p_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a5p_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7a5p_validation.xml.gz | 182.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a5p_validation.cif.gz | 327.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 256Y
#1: RNA鎖 | 分子量: 312349.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36516 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36515 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa S3 |
#20: RNA鎖 | 分子量: 103979.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa S3 |
-タンパク質 , 17種, 18分子 8ACLOSUbmopquvwxyz
#4: タンパク質 | 分子量: 17379.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa S3 | ||||||||||||||||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9 | ||||||||||||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 61610.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573 | ||||||||||||||||||
#10: タンパク質 | 分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459 | ||||||||||||||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0 | ||||||||||||||||||
#15: タンパク質 | 分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35 | ||||||||||||||||||
#17: タンパク質 | 分子量: 173331.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60306, RNA helicase | ||||||||||||||||||
#22: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678 #28: タンパク質 | | 分子量: 33475.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNP9, peptidylprolyl isomerase #29: タンパク質 | | 分子量: 73306.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW82 #30: タンパク質 | | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase #33: タンパク質 | | 分子量: 37141.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BW85 #34: タンパク質 | | 分子量: 17189.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61326 #35: タンパク質 | | 分子量: 19925.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5S9 #36: タンパク質 | | 分子量: 29227.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14331 #37: タンパク質 | | 分子量: 46930.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38919, RNA helicase #38: タンパク質 | | 分子量: 73679.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP3, peptidylprolyl isomerase |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 EGHIJ
#7: タンパク質 | 分子量: 65612.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60508 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 55245.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMS4, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 7種, 7分子 KMNPTrs
#9: タンパク質 | 分子量: 26163.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75934 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 100148.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCS7 |
#12: タンパク質 | 分子量: 28780.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95926 |
#14: タンパク質 | 分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64 |
#16: タンパク質 | 分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8 |
#31: タンパク質 | 分子量: 140777.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92620, RNA helicase |
#32: タンパク質 | 分子量: 33046.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULR0 |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WX
#18: タンパク質 | 分子量: 28484.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 alcndhejfigk
#21: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 #23: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 #24: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 #25: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 #26: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEEDGEMRE 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 #27: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human C Complex Spliceosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa S3 |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 69000 / 対称性のタイプ: POINT |