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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a5j | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial ribosome / ribosome stalling / cryo-EM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / [2Fe-2S] cluster assembly / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / respiratory chain complex I / mitochondrial ribosome / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / anatomical structure morphogenesis / acyl carrier activity / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / endonuclease activity / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleotide binding / calcium ion binding / synapse / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Desai, N. / Yang, H. / Chandrasekaran, V. / Kazi, R. / Minczuk, M. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Elongational stalling activates mitoribosome-associated quality control. 著者: Nirupa Desai / Hanting Yang / Viswanathan Chandrasekaran / Razina Kazi / Michal Minczuk / V Ramakrishnan / 要旨: The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a ...The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a mitoribosome-associated quality control pathway that responds to interruptions during elongation, and we present structures at 3.1- to 3.3-angstrom resolution of mitoribosomal large subunits trapped during ribosome rescue. Release factor homolog C12orf65 (mtRF-R) and RNA binding protein C6orf203 (MTRES1) eject the nascent chain and peptidyl transfer RNA (tRNA), respectively, from stalled ribosomes. Recruitment of mitoribosome biogenesis factors to these quality control intermediates suggests additional roles for these factors during mitoribosome rescue. We also report related cryo-electron microscopy structures (3.7 to 4.4 angstrom resolution) of elongating mitoribosomes bound to tRNAs, nascent polypeptides, the guanosine triphosphatase elongation factors mtEF-Tu and mtEF-G1, and the Oxa1L translocase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a5j.cif.gz | 2.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a5j.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7a5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a5j_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a5j_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7a5j_validation.xml.gz | 210.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a5j_validation.cif.gz | 376.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+39S ribosomal protein ... , 45種, 46分子 DEFHCIJKLMNOQRSTUVWXYZ01234567...
-Mitochondrial ... , 2種, 2分子 Pu
#12: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2 |
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#52: タンパク質 | 分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3 |
-タンパク質 , 7種, 7分子 jopqvwn
#42: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6 |
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#46: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#47: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#48: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#53: タンパク質 | 分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8 |
#54: タンパク質 | 分子量: 17774.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561 |
#55: タンパク質 | 分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72GV9 |
-Unknown protein/protein ... , 3種, 3分子 tyz
#51: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#60: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#61: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-RNA鎖 , 3種, 4分子 ABGx
#56: RNA鎖 | 分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814679 |
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#57: RNA鎖 | 分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021 |
#59: RNA鎖 | 分子量: 23378.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Y2
#58: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 4種, 101分子
#62: 化合物 | ChemComp-MG / #63: 化合物 | #64: 化合物 | #65: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54398 / 対称性のタイプ: POINT |