+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a4a | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Envelope glycprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum | ||||||||||||
要素 | Integrase catalytic domain-containing protein | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / class II membrane fusion protein / retroviral envelope protein (Env) / lipid binding protein / disulfide bonding | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mata, C.P. / Merchant, M. / Modis, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus. 著者: Monique Merchant / Carlos P Mata / Yangci Liu / Haoming Zhai / Anna V Protasio / Yorgo Modis / 要旨: Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus ...Endogenous viral elements (EVEs), accounting for 15% of our genome, serve as a genetic reservoir from which new genes can emerge. Nematode EVEs are particularly diverse and informative of virus evolution. We identify Atlas virus-an intact retrovirus-like EVE in the human hookworm , with an envelope protein genetically related to G-G glycoproteins from the family Phenuiviridae. A cryo-EM structure of Atlas G reveals a class II viral membrane fusion protein fold not previously seen in retroviruses. Atlas G has the structural hallmarks of an active fusogen. Atlas G trimers insert into membranes with endosomal lipid compositions and low pH. When expressed on the plasma membrane, Atlas G has cell-cell fusion activity. With its preserved biological activities, Atlas G has the potential to acquire a cellular function. Our work reveals structural plasticity in reverse-transcribing RNA viruses. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: A bioactive phlebovirus-like envelope protein in a hookworm endogenous virus 著者: Merchant, M. / Mata, C.P. / Liu, Y. / Zhai, H. / Protasio, A.V. / Modis, Y. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a4a.cif.gz | 419.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7a4a.ent.gz | 346.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a4a_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7a4a_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7a4a_validation.xml.gz | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a4a_validation.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11630MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10266 (タイトル: CryoEM image reconstuction of the envelope protein of endogenous retrovirus Y032 from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum Data size: 5.6 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of Env protein endogenous retrovirus AceY032 from Ancylostoma ceylanicum [micrographs - multiframe]) |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-10266 / データの種類: EMPIAR |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51519.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14- ...詳細: In chains A, B and C, residue Asn414 is covalently modified with an N-linked N-acetyl glucosamine ligand. Chains A, B and C each contain the following 15 disulfide bonds: Cys1-Cys41, Cys14-Cys23, Cys66-Cys162, Cys87-Cys135, Cys93-Cys142, Cys98-Cys123, Cys127-Cys132, Cys129-Cys138, Cys246-Cys257, Cys264-Cys277, Cys266-Cys275, Cys337-Cys408, Cys347-Cys350, Cys360-Cys382, Cys373-Cys404. 由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫) 遺伝子: Acey_s0020.g108, Y032_0020g108 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His / 細胞株 (発現宿主): d.mel-2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A016UZK2 #2: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Viral envelope glycoprotein / タイプ: COMPLEX 詳細: Envelope glycoprotein of endogenous retrovirus Y032 (Atlas virus) from Ancylostoma ceylanicum Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.143 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 細胞: d.mel-2 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris/HCl (NH12C4O3Cl) 0.1 M NaCl 'sodium chloride' 5 % glycerol (C3H8O3) 0.5 mM TCEP (C9H15O6P) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.025 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.2 K / 詳細: Grids were blotted for 4 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 46.18 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3027 / 詳細: Dose rate = 1.28 e- A^-2 per frame |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 36 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
画像処理 | 詳細: Movies were motion-corrected and dose-weighted with MOTIONCOR2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: Aligned, non-dose-weighted micrographs were then used to estimate the CTF. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 987570 詳細: 2D references from initial datasets were used to auto-pick the micrographs. One round of reference-free 2D classification was performed to produce templates for better reference-dependent auto-picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197145 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 82 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6EGU PDB chain-ID: A / Accession code: 6EGU 詳細: A homology model was built from PDB:6EGU using the Swiss-Model server (swissmodel.expasy.org). The model was docked as a rigid body into the density with UCSF Chimera prior to refinement. Pdb chain residue range: 691-1136 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|