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万見
- PDB-6znh: Structure of the Salmonella PrgI needle filament attached to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6znh
タイトルStructure of the Salmonella PrgI needle filament attached to the basal body
要素PrgI
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type 3 secretion system / Salmonella / Helical reconstruction / Needle filament.
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lunelli, M. / Kotov, V. / Wald, J. / Kolbe, M. / Marlovits, T.C.
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2021
タイトル: Helical reconstruction of and needle filaments attached to type 3 basal bodies.
著者: Vadim Kotov / Michele Lunelli / Jiri Wald / Michael Kolbe / Thomas C Marlovits /
要旨: Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a ...Gram-negative pathogens evolved a syringe-like nanomachine, termed type 3 secretion system, to deliver protein effectors into the cytoplasm of host cells. An essential component of this system is a long helical needle filament that protrudes from the bacterial surface and connects the cytoplasms of the bacterium and the eukaryotic cell. Previous structural research was predominantly focused on reconstituted type 3 needle filaments, which lacked the biological context. In this work we introduce a facile procedure to obtain high-resolution cryo-EM structure of needle filaments attached to the basal body of type 3 secretion systems. We validate our approach by solving the structure of PrgI filament and demonstrate its utility by obtaining the first high-resolution cryo-EM reconstruction of Shigella MxiH filament. Our work paves the way to systematic structural characterization of attached type 3 needle filaments in the context of mutagenesis studies, protein structural evolution and drug development.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11311
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11311
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgI
B: PrgI
C: PrgI
D: PrgI
E: PrgI
F: PrgI
G: PrgI
H: PrgI
I: PrgI
J: PrgI
K: PrgI
L: PrgI
M: PrgI
N: PrgI
O: PrgI
P: PrgI
Q: PrgI
R: PrgI
S: PrgI
T: PrgI
U: PrgI
V: PrgI
W: PrgI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,89223
ポリマ－203,89223
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area66220 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area83060 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
PrgI


分子量: 8864.868 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41784

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Needle filament of the type III secretion system / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Structure obtained from needles attached to the basal body
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SB905
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-HCl1
2500 mMSodium chlorideNaCl1
30.1 %LDAO1
45 mMEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13Coot0.8.9.2モデル精密化
14PHENIX1.17-3644モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 64.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 308303
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34174 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
詳細: Initial automatic modeling with StarMap, a Rosetta plug-in of ChimeraX.
原子モデル構築PDB-ID: 2LPZ

2lpz


Accession code: 2LPZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00614444
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62319665
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.9825221
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452254
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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