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万見
- PDB-6ys5: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ys5
タイトルAcinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 7
  • 16S ribosomal RNA
  • E-site tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / antibiotic / amikacin / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. ...Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nicholson, D. / Edwards, T.A. / O'Neill, A.J. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics.
著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson /
要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10892
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: 16S ribosomal RNA
7: E-site tRNA
9: mRNA
d: 30S ribosomal protein S3
h: 30S ribosomal protein S7
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14
t: 30S ribosomal protein S19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)632,88934
ポリマ－632,30610
非ポリマー58324
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35750 Å2
ΔGint-479 kcal/mol
Surface area97490 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 379

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500126.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
#2: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24346.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: E. coli fMet-tRNA from PDB 5AFI fitted into EM density - represents a mixture of tRNAs
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
#3: RNA鎖 mRNA


分子量: 1179.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mixture of mRNAs at the E-site, modelled as polyuridine
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)

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30S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 dhjknot

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 27972.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD03
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17733.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 126-145 modelled without side chains
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0C9P7
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14287.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CG36
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11718.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CCZ6
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13295.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD19
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11438.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD10
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10206.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD01

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非ポリマー , 1種, 24分子

#11: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF ChimeraX-0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51958
詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit head' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15MDZ

5mdz

5MDZ1
25AFI

5afi

w5AFI2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 30.19 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007318137
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.702326812
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04583413
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051645
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.80276665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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