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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yef | |||||||||
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タイトル | 70S initiation complex with assigned rRNA modifications from Staphylococcus aureus | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / rRNA modifications / 70S / initiation complex / S. aureus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Fatkhullin, B. / Golubev, A. / Khusainov, I. / Yusupova, G. / Yusupov, M. | |||||||||
資金援助 | ロシア, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the ribosome functional complex of the human pathogen Staphylococcus aureus at 3.2 Å resolution. 著者: Alexander Golubev / Bulat Fatkhullin / Iskander Khusainov / Lasse Jenner / Azat Gabdulkhakov / Shamil Validov / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Konstantin Usachev / 要旨: Staphylococcus aureus is a bacterial pathogen and one of the leading causes of healthcare-acquired infections in the world. The growing antibiotic resistance of S. aureus obliges us to search for ...Staphylococcus aureus is a bacterial pathogen and one of the leading causes of healthcare-acquired infections in the world. The growing antibiotic resistance of S. aureus obliges us to search for new drugs and treatments. As the majority of antibiotics target the ribosome, knowledge of its detailed structure is crucial for drug development. Here, we report the cryo-EM reconstruction at 3.2 Å resolution of the S. aureus ribosome with P-site tRNA, messenger RNA, and 10 RNA modification sites previously not assigned or visualized. The resulting model is the most precise and complete high-resolution structure to date of the S. aureus 70S ribosome with functional ligands. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yef.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yef.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yef_validation.pdf.gz | 655 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yef_full_validation.pdf.gz | 771.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yef_validation.xml.gz | 147.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yef_validation.cif.gz | 259.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yef | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 avABx
#1: RNA鎖 | 分子量: 503394.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
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#21: RNA鎖 | 分子量: 9536.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#22: RNA鎖 | 分子量: 946780.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
#52: RNA鎖 | 分子量: 25023.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
-30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 bcdefghiklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ25 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW23 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G113 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P48940 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW20 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW39 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P0A0H0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW30 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10570.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FYU5 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW15 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2G111 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FW10 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q2FXY6 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 j
#10: タンパク質 | 分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQRSTUVWXYZ012345678
-非ポリマー , 2種, 288分子
#53: 化合物 | ChemComp-MG / #54: 化合物 | ChemComp-K / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LI0 Accession code: 5LI0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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