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万見
- PDB-6y9a: Structure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9a
タイトルStructure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
要素
  • B-lymphocyte antigen CD20
  • Obinutuzumab Fab Light chain
  • Obinutuzumab Fab heavy chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cancer immunotherapy / Therapeutic antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation / protein tetramerization / response to bacterium / B cell receptor signaling pathway / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kumar, A. / Reyes, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)309657 フランス
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Binding mechanisms of therapeutic antibodies to human CD20.
著者: Anand Kumar / Cyril Planchais / Rémi Fronzes / Hugo Mouquet / Nicolas Reyes /
要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I ...Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I and II therapeutic mAbs differ in B cell binding properties and cytotoxic effects, reflecting differential interaction mechanisms with CD20. Here we present 3.7- to 4.7-angstrom cryo-electron microscopy structures of full-length CD20 in complexes with prototypical type I rituximab and ofatumumab and type II obinutuzumab. The structures and binding thermodynamics demonstrate that upon binding to CD20, type II mAbs form terminal complexes that preclude recruitment of additional mAbs and complement components, whereas type I complexes act as molecular seeds to increase mAb local concentration for efficient complement activation. Among type I mAbs, ofatumumab complexes display optimal geometry for complement recruitment. The uncovered mechanisms should aid rational design of next-generation immunotherapies targeting CD20.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22020年9月16日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10734
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10734
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-lymphocyte antigen CD20
B: B-lymphocyte antigen CD20
H: Obinutuzumab Fab heavy chain
L: Obinutuzumab Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8434
ポリマ－84,8434
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy, Negative staining
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7590 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area41360 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 B-lymphocyte antigen CD20 / B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4- ...B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 1


分子量: 18735.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-Lymphocyte / 遺伝子: MS4A1, CD20 / プラスミド: pcDNA3.1 + / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11836
#2: 抗体 Obinutuzumab Fab heavy chain


分子量: 23407.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: IgG1 Expression vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Obinutuzumab Fab Light chain


分子量: 23964.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: IgG1 Expression vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Full-length human antigen CD20 in complex with ObinutuzumabCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Full-length human CD20COMPLEX#11RECOMBINANT
3Obinutuzumab FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11
22NO
33NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
12Homo sapiens (ヒト)9606HEK-293FpcDNA3.1
23Homo sapiens (ヒト)9606HEK-293FIgG1 expression vector
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)HEPES1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
30.0084 PercentGDN101GDN1
40.00168 PercentCholesterol hemisuccinateCHS1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Grids were blot for 3.5 Sec.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 42.84 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10545
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティングRigid Body fit
8Coot0.8.9.2モデルフィッティングRigid Body fit
10cryoSPARC2.14.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.14.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.14.2分類
13cryoSPARC2.14.2３次元再構成
14PHENIX1.17.1モデル精密化
CTF補正詳細: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1316678
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63547 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
13PP4

3pp4

H12-220
23PP4

3pp4

L11-219
36Y90

6y90

145-213
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 150.98 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036085
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7958257
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.899824
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05945
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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