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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x4s | |||||||||
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タイトル | MCU-EMRE complex of a metazoan mitochondrial calcium uniporter | |||||||||
要素 | Calcium uniporter protein,Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein fusion | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / calcium channel / mitochondrial calcium uniporter / MCU / EMRE / mitochondria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Long, S.B. / Wang, C. / Baradaran, R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structure and Reconstitution of an MCU-EMRE Mitochondrial Ca Uniporter Complex. 著者: Chongyuan Wang / Rozbeh Baradaran / Stephen Barstow Long / 要旨: The proteins MCU and EMRE form the minimal functional unit of the mitochondrial calcium uniporter complex in metazoans, a highly selective and tightly controlled Ca channel of the inner mitochondrial ...The proteins MCU and EMRE form the minimal functional unit of the mitochondrial calcium uniporter complex in metazoans, a highly selective and tightly controlled Ca channel of the inner mitochondrial membrane that regulates cellular metabolism. Here we present functional reconstitution of an MCU-EMRE complex from the red flour beetle, Tribolium castaneum, and a cryo-EM structure of the complex at 3.5 Å resolution. Using a novel assay, we demonstrate robust Ca uptake into proteoliposomes containing the purified complex. Uptake is dependent on EMRE and also on the mitochondrial lipid cardiolipin. The structure reveals a tetrameric channel with a single ion pore. EMRE is located at the periphery of the transmembrane domain and associates primarily with the first transmembrane helix of MCU. Coiled-coil and juxtamembrane domains within the matrix portion of the complex adopt markedly different conformations than in a structure of a human MCU-EMRE complex, suggesting that the structures represent different conformations of these functionally similar metazoan channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x4s.cif.gz | 148.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x4s.ent.gz | 105.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6x4s_validation.pdf.gz | 714.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6x4s_full_validation.pdf.gz | 722.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6x4s_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6x4s_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x4s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27530.723 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) 遺伝子: TcasGA2_TC013837, TcasGA2_TC012057 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D6WIX5, UniProt: D6X268 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) in complex with EMRE. Embedded in lipid nanodiscs containing cardiolipin. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293, Invitrogen | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot, blot force of 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.9 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8143 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4460801 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52493 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 127 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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