PDB-2hu7: Binding of inhibitors by Acylaminoacyl peptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hu7

タイトル

Binding of inhibitors by Acylaminoacyl peptidase

要素

Acylamino-acid-releasing enzyme

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / beta-propeller / enzyme-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Kiss, A.L. / Hornung, B. / Radi, K. / Gengeliczki, Z. / Sztaray, B. / Harmat, V. / Polgar, L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Acylaminoacyl Peptidase from Aeropyrum pernix K1 Thought to Be an Exopeptidase Displays Endopeptidase Activity
著者: Kiss, A.L. / Hornung, B. / Radi, K. / Gengeliczki, Z. / Sztaray, B. / Juhasz, T. / Szeltner, Z. / Harmat, V. / Polgar, L.

履歴

登録	2006年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hu7.cif.gz	230.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hu7.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2hu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2hu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hu5C 2hu8C 1ve6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hu5-d 1ve7-d 2qr5-d 2qzp-d 2hu8-d 1ve6-d 4re5-d 4azl-d 6z8e-d 5f1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.682, 103.989, 168.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	22 - 30	22 - 30
2	1	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	22 - 30	22 - 30
3	2	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	47 - 52	47 - 52
4	2	ASN	ASN	ASP	ASP	B	B	47 - 52	47 - 52
5	3	VAL	VAL	TYR	TYR	A	A	57 - 72	57 - 72
6	3	VAL	VAL	TYR	TYR	B	B	57 - 72	57 - 72
7	4	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	77 - 82	77 - 82
8	4	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	77 - 82	77 - 82
9	5	HIS	HIS	PRO	PRO	A	A	90 - 100	90 - 100
10	5	HIS	HIS	PRO	PRO	B	B	90 - 100	90 - 100
11	6	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	106 - 161	106 - 161
12	6	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	106 - 161	106 - 161
13	7	ALA	ALA	THR	THR	A	A	165 - 179	165 - 179
14	7	ALA	ALA	THR	THR	B	B	165 - 179	165 - 179
15	8	GLY	GLY	SER	SER	A	A	186 - 198	186 - 198
16	8	GLY	GLY	SER	SER	B	B	186 - 198	186 - 198
17	9	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	261 - 274	261 - 274
18	9	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	261 - 274	261 - 274
19	10	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	279 - 290	279 - 290
20	10	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	279 - 290	279 - 290
21	11	VAL	VAL	THR	THR	A	A	296 - 300	296 - 300
22	11	VAL	VAL	THR	THR	B	B	296 - 300	296 - 300
23	12	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	345 - 350	345 - 350
24	12	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	345 - 350	345 - 350
25	13	THR	THR	ALA	ALA	A	A	362 - 382	362 - 382
26	13	THR	THR	ALA	ALA	B	B	362 - 382	362 - 382
27	14	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	385 - 425	385 - 425
28	14	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	385 - 425	385 - 425
29	15	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	431 - 435	431 - 435
30	15	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	431 - 435	431 - 435
31	16	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	436 - 468	436 - 468
32	16	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	436 - 468	436 - 468
33	17	SER	SER	THR	THR	A	A	481 - 493	481 - 493
34	17	SER	SER	THR	THR	B	B	481 - 493	481 - 493
35	18	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	503 - 514	503 - 514
36	18	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	503 - 514	503 - 514
37	19	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	516 - 519	516 - 519
38	19	LEU	LEU	ILE	ILE	B	B	516 - 519	516 - 519
39	20	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	538 - 543	538 - 543
40	20	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	538 - 543	538 - 543
41	21	ILE	ILE	THR	THR	A	A	550 - 560	550 - 560
42	21	ILE	ILE	THR	THR	B	B	550 - 560	550 - 560
43	22	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	568 - 579	568 - 579
44	22	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	568 - 579	568 - 579

詳細

The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase 分子量: 63108.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 78mM sodium acetate, 0.44mM EDTA, 2.2% PEG 4000, 0.56% beta-octyl-glucoside, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月3日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.537 Å / Num. obs: 76464 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13.07
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 8216 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VE6

1ve6

解像度: 2.01→19.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 4.633 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC AND TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21693	3602	5 %	RANDOM (AS FOR RELATED PDB ENTRY 2HU5)
R_work	0.17554	-	-	-
all	0.17761	68079	-	-
obs	0.17761	68079	94.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.241 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8623	0	42	349	9014

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	8890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.274	1.971	12067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	19034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	10060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	5797
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.266	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.087	2	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.747	3	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.21	2	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.968	3	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1901	medium positional	0.1	0.5
2915	loose positional	0.41	5
1901	medium thermal	0.72	2
2915	loose thermal	1.17	10

LS精密化シェル

解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.303	186
R_work	0.258	3859

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1871	-0.0242	0.1214	0.5382	0.1131	0.2881	0.0283	0.0015	-0.0168	-0.0518	-0.0182	-0.0141	-0.032	-0.0162	-0.0101	0.0149	0.0096	-0.0076	0.0294	0.0014	0.0056	2.7585	27.7033	18.1999
2	0.5381	0.0747	0.2011	0.9891	-0.0234	0.3013	0.0042	0.0586	-0.03	-0.1217	0.0152	-0.0772	0.0509	0.0367	-0.0194	0.0298	-0.0062	-0.0205	0.0409	0.0136	0.0209	22.8464	-18.1985	26.3915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 581	9 - 581
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	9 - 581	9 - 581

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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