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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x2j | ||||||
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タイトル | Structure of human TRPA1 in complex with agonist GNE551 | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN/Agonist / TRPA1 / channel / agonist / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-Agonist complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport / sensory perception of pain ...temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to organic cyclic compound / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to hydrogen peroxide / channel activity / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Rohou, A. / Rouge, L. / Chen, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2021 タイトル: A Non-covalent Ligand Reveals Biased Agonism of the TRPA1 Ion Channel. 著者: Chang Liu / Rebecca Reese / Simon Vu / Lionel Rougé / Shannon D Shields / Satoko Kakiuchi-Kiyota / Huifen Chen / Kevin Johnson / Yu Patrick Shi / Tania Chernov-Rogan / Demi Maria Zabala ...著者: Chang Liu / Rebecca Reese / Simon Vu / Lionel Rougé / Shannon D Shields / Satoko Kakiuchi-Kiyota / Huifen Chen / Kevin Johnson / Yu Patrick Shi / Tania Chernov-Rogan / Demi Maria Zabala Greiner / Pawan Bir Kohli / David Hackos / Bobby Brillantes / Christine Tam / Tianbo Li / Jianyong Wang / Brian Safina / Steve Magnuson / Matthew Volgraf / Jian Payandeh / Jie Zheng / Alexis Rohou / Jun Chen / 要旨: The TRPA1 ion channel is activated by electrophilic compounds through the covalent modification of intracellular cysteine residues. How non-covalent agonists activate the channel and whether covalent ...The TRPA1 ion channel is activated by electrophilic compounds through the covalent modification of intracellular cysteine residues. How non-covalent agonists activate the channel and whether covalent and non-covalent agonists elicit the same physiological responses are not understood. Here, we report the discovery of a non-covalent agonist, GNE551, and determine a cryo-EM structure of the TRPA1-GNE551 complex, revealing a distinct binding pocket and ligand-interaction mechanism. Unlike the covalent agonist allyl isothiocyanate, which elicits channel desensitization, tachyphylaxis, and transient pain, GNE551 activates TRPA1 into a distinct conducting state without desensitization and induces persistent pain. Furthermore, GNE551-evoked pain is relatively insensitive to antagonist treatment. Thus, we demonstrate the biased agonism of TRPA1, a finding that has important implications for the discovery of effective drugs tailored to different disease etiologies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x2j.cif.gz | 739.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x2j.ent.gz | 620.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6x2j_validation.pdf.gz | 989.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6x2j_full_validation.pdf.gz | 1004.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6x2j_validation.xml.gz | 62 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6x2j_validation.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x2j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72622.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPA1, ANKTM1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75762 #2: 化合物 | ChemComp-ULJ / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPA1 bound by agonist GNE551 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Solarus plasma cleaner / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Triple blot. Put blot in vitroblot Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually, apply final 3.5ul, final blot by vitrobot (3.5s) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 41.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11063 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 505112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58837 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Data at spatial frequencies higher than 1/4.0 A-1 were not used during any part of the refinement. The final map was density-modified using Phenix. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6PQQ Accession code: 6PQQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |