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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x2j | ||||||
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タイトル | Structure of human TRPA1 in complex with agonist GNE551 | ||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rohou, A. / Rouge, L. / Chen, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Non-covalent Ligand Reveals Biased Agonism of the TRPA1 Ion Channel. 著者: Chang Liu / Rebecca Reese / Simon Vu / Lionel Rougé / Shannon D Shields / Satoko Kakiuchi-Kiyota / Huifen Chen / Kevin Johnson / Yu Patrick Shi / Tania Chernov-Rogan / Demi Maria Zabala ...著者: Chang Liu / Rebecca Reese / Simon Vu / Lionel Rougé / Shannon D Shields / Satoko Kakiuchi-Kiyota / Huifen Chen / Kevin Johnson / Yu Patrick Shi / Tania Chernov-Rogan / Demi Maria Zabala Greiner / Pawan Bir Kohli / David Hackos / Bobby Brillantes / Christine Tam / Tianbo Li / Jianyong Wang / Brian Safina / Steve Magnuson / Matthew Volgraf / Jian Payandeh / Jie Zheng / Alexis Rohou / Jun Chen / ![]() 要旨: The TRPA1 ion channel is activated by electrophilic compounds through the covalent modification of intracellular cysteine residues. How non-covalent agonists activate the channel and whether covalent ...The TRPA1 ion channel is activated by electrophilic compounds through the covalent modification of intracellular cysteine residues. How non-covalent agonists activate the channel and whether covalent and non-covalent agonists elicit the same physiological responses are not understood. Here, we report the discovery of a non-covalent agonist, GNE551, and determine a cryo-EM structure of the TRPA1-GNE551 complex, revealing a distinct binding pocket and ligand-interaction mechanism. Unlike the covalent agonist allyl isothiocyanate, which elicits channel desensitization, tachyphylaxis, and transient pain, GNE551 activates TRPA1 into a distinct conducting state without desensitization and induces persistent pain. Furthermore, GNE551-evoked pain is relatively insensitive to antagonist treatment. Thus, we demonstrate the biased agonism of TRPA1, a finding that has important implications for the discovery of effective drugs tailored to different disease etiologies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 739.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 620.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72622.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O75762 #2: 化合物 | ChemComp-ULJ / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRPA1 bound by agonist GNE551 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Solarus plasma cleaner / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Triple blot. Put blot in vitroblot Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually, apply final 3.5ul, final blot by vitrobot (3.5s) |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 41.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11063 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 505112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58837 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Data at spatial frequencies higher than 1/4.0 A-1 were not used during any part of the refinement. The final map was density-modified using Phenix. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6PQQ Accession code: 6PQQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |