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- PDB-6wu9: 50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wu9
タイトル50S subunit of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 25
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / 70S / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily ...: / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L14P, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33C / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32C / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jogl, G. / Khayat, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21907
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
0: 50S ribosomal protein L30
2: 50S ribosomal protein L32
3: 50S ribosomal protein L33
4: 50S ribosomal protein L34
5: 50S ribosomal protein L35
6: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,280,36130
ポリマ－1,280,16527
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 942675.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853

+
50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 DEFGKLMNOPQRSTUVXYZ023456

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22498.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR3, UniProt: Q839G4*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22384.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU7, UniProt: Q839G3*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19863.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS2, UniProt: Q839F2*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19164.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU3, UniProt: Q839E9*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16099.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSB2
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13165.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS1, UniProt: Q839F4*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15602.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT1, UniProt: Q839E5*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15960.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU1, UniProt: Q839F7*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14156.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKX1, UniProt: Q839D8*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12806.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS7, UniProt: Q839E8*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13113.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XPL8, UniProt: Q833P5*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13542.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM76, UniProt: Q837C7*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11166.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMC1, UniProt: Q836X6*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12126.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT6, UniProt: Q839F9*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10297.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR7, UniProt: Q839G2*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 10892.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV5, UniProt: Q839F3*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8146.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMB1, UniProt: Q836X4*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6072.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRZ8, UniProt: Q82ZE4*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7211.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV0, UniProt: Q839F6*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6234.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW1, UniProt: Q839E6*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6217.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMM2, UniProt: Q836R0*PLUS
#24: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 6052.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XR98, UniProt: P59628*PLUS
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5373.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSI4, UniProt: Q82YU9*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7466.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM73, UniProt: Q837C8*PLUS
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4440.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT9, UniProt: Q839E1*PLUS

-
非ポリマー , 1種, 3分子

#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Enterococcus faecalis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K / 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択0.53
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.14_3235モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC0.63最終オイラー角割当
12FREALIGN9.03分類
13cryoSPARC0.63３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335675 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15LI0

5li0

15LI01PDBexperimental model
24YBB

4ybb

14YBB2PDBexperimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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