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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wds | |||||||||||||||
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タイトル | Enterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-159 | |||||||||||||||
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![]() | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / virus / enterovirus / antibody / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cysteine-type peptidase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid ...cysteine-type peptidase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
![]() | Fu, J. / Klose, T. / Vogt, M.R. / Crowe, J.E. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human antibodies neutralize enterovirus D68 and protect against infection and paralytic disease. 著者: Matthew R Vogt / Jianing Fu / Nurgun Kose / Lauren E Williamson / Robin Bombardi / Ian Setliff / Ivelin S Georgiev / Thomas Klose / Michael G Rossmann / Yury A Bochkov / James E Gern / ...著者: Matthew R Vogt / Jianing Fu / Nurgun Kose / Lauren E Williamson / Robin Bombardi / Ian Setliff / Ivelin S Georgiev / Thomas Klose / Michael G Rossmann / Yury A Bochkov / James E Gern / Richard J Kuhn / James E Crowe / ![]() 要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) causes outbreaks of respiratory illness, and there is increasing evidence that it causes outbreaks of acute flaccid myelitis (AFM). There are no licensed therapies to prevent ...Enterovirus D68 (EV-D68) causes outbreaks of respiratory illness, and there is increasing evidence that it causes outbreaks of acute flaccid myelitis (AFM). There are no licensed therapies to prevent or treat EV-D68 infection or AFM disease. We isolated a panel of EV-D68-reactive human monoclonal antibodies that recognize diverse antigenic variants from participants with prior infection. One potently neutralizing cross-reactive antibody, EV68-228, protected mice from respiratory and neurologic disease when given either before or after infection. Cryo-electron microscopy studies revealed that EV68-228 and another potently neutralizing antibody (EV68-159) bound around the fivefold or threefold axes of symmetry on virion particles, respectively. The structures suggest diverse mechanisms of action by these antibodies. The high potency and effectiveness observed in vivo suggest that antibodies are a mechanistic correlate of protection against AFM disease and are candidates for clinical use in humans with EV-D68 infection. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
-Viral protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#2: タンパク質 | 分子量: 32920.309 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 565-861 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 27567.135 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 70-317 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 27112.814 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: US/MO/14-18047 / Cell (発現宿主): spindle / 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 11715.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: 抗体 | 分子量: 13003.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 31.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 732 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 42078 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30554 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4WM8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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