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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wc7 | ||||||
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タイトル | Acyl carrier protein (ACP) domain bound to dehydratase (DH) domain in fungal fatty acid synthase (FAS) | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / Fatty acid synthase / acyl carrier protein / dehydratase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase ...: / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / : / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / mitochondrion / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | ||||||
![]() | Lou, J.W. / Mazhab-Jafari, M.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Steric occlusion regulates proximal interactions of acyl carrier protein domain in fungal fatty acid synthase. 著者: Jennifer W Lou / Mohammad T Mazhab-Jafari / ![]() 要旨: The acyl carrier protein (ACP) domain shuttles substrates and reaction intermediates in type I fungal fatty acid synthases via transient protein-protein interactions. Here, using electron cryo- ...The acyl carrier protein (ACP) domain shuttles substrates and reaction intermediates in type I fungal fatty acid synthases via transient protein-protein interactions. Here, using electron cryo-microscopy (cryoEM), we report the structure of a fungal FAS stalled at the dehydration reaction, which precedes the final enoyl reduction in the fatty acid biosynthesis cycle. This conformation revealed multiple contact sites between ACP and the dehydratase (DH) and enoyl reductase (ER) domains that occluded the ACP binding to the adjacent ER domain. Our data suggests a minimal path from the DH to the ER reaction site that requires minute changes in the coordinates of the structured N- and C- termini of the ACP domain. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 885.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 884.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 229769.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: FAS1, YKL182W / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, ...参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 207184.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: FAS2, YPL231W, P1409 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P19097, fatty-acyl-CoA synthase system, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Fatty acid synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 2.6 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.3 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15767 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2UV8 Accession code: 2UV8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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