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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w1x | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of anti-CRISPR AcrIF9, bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/RNA / type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex / Csy complex / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) Proteus penneri (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hirschi, M. / Santiago-Frangos, A. / Wilkinson, R. / Golden, S.M. / Wiedenheft, B. / Lander, G. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: AcrIF9 tethers non-sequence specific dsDNA to the CRISPR RNA-guided surveillance complex. 著者: Marscha Hirschi / Wang-Ting Lu / Andrew Santiago-Frangos / Royce Wilkinson / Sarah M Golden / Alan R Davidson / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft / 要旨: Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of ...Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of anti-CRISPRs that suppress these immune systems. Here we report structures of anti-CRISPR protein IF9 (AcrIF9) in complex with the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex (Csy). In addition to sterically blocking the hybridization of complementary dsDNA to the CRISPR RNA, our results show that AcrIF9 binding also promotes non-sequence-specific engagement with dsDNA, potentially sequestering the complex from target DNA. These findings highlight the versatility of anti-CRISPR mechanisms utilized by phages to suppress CRISPR-mediated immune systems. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w1x.cif.gz | 504 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w1x.ent.gz | 399.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w1x_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w1x_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6w1x_validation.xml.gz | 71.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w1x_validation.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CRISPR-associated protein ... , 2種, 7分子 ACDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 49194.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, PA14_33330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02ML9 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 39778.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EQH76_13805, FCG96_17770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A444M080, UniProt: Q02MM1*PLUS |
-タンパク質 , 3種, 4分子 BLIJ
#2: タンパク質 | 分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, FCG96_17775, PACL_0128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161, UniProt: Q02MM0*PLUS |
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#5: タンパク質 | 分子量: 21427.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cas6f, csy4, PA14_33300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q02MM2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
#6: タンパク質 | 分子量: 7863.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus penneri (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0AVY5 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 M
#4: RNA鎖 | 分子量: 19265.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 13.2 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1653 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 66 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Leginon / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1571636 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285707 / 対称性のタイプ: POINT |