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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vlz | ||||||
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タイトル | Structure of the human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex (ClassI) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial elongation factor-G1 / 55S ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation ...mitochondrial ribosome binding / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / translation elongation factor activity / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cell population proliferation / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / cell cycle / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, M.R. / Koripella, R.K. / Agrawal, R.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structures of the human mitochondrial ribosome bound to EF-G1 reveal distinct features of mitochondrial translation elongation. 著者: Ravi Kiran Koripella / Manjuli R Sharma / Kalpana Bhargava / Partha P Datta / Prem S Kaushal / Pooja Keshavan / Linda L Spremulli / Nilesh K Banavali / Rajendra K Agrawal / 要旨: The mammalian mitochondrial ribosome (mitoribosome) and its associated translational factors have evolved to accommodate greater participation of proteins in mitochondrial translation. Here we ...The mammalian mitochondrial ribosome (mitoribosome) and its associated translational factors have evolved to accommodate greater participation of proteins in mitochondrial translation. Here we present the 2.68-3.96 Å cryo-EM structures of the human 55S mitoribosome in complex with the human mitochondrial elongation factor G1 (EF-G1) in three distinct conformational states, including an intermediate state and a post-translocational state. These structures reveal the role of several mitochondria-specific (mito-specific) mitoribosomal proteins (MRPs) and a mito-specific segment of EF-G1 in mitochondrial tRNA (tRNA) translocation. In particular, the mito-specific C-terminal extension in EF-G1 is directly involved in translocation of the acceptor arm of the A-site tRNA. In addition to the ratchet-like and independent head-swiveling motions exhibited by the small mitoribosomal subunit, we discover significant conformational changes in MRP mL45 at the nascent polypeptide-exit site within the large mitoribosomal subunit that could be critical for tethering of the elongating mitoribosome onto the inner-mitochondrial membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vlz.cif.gz | 3.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vlz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6vlz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vlz_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vlz_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vlz_validation.xml.gz | 364.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vlz_validation.cif.gz | 606.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vlz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21233MC 6vmiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10481 (タイトル: Structures of the human mitochondrial ribosome bound to EF-G1 reveal distinct features of mitochondrial translation elongation Data size: 753.5 Data #1: Aligned single-frame particles of human mitochondrial 55S-EF-Gmt complex [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AAAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 306112.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814287 |
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#32: RNA鎖 | 分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1616239084 |
#33: RNA鎖 | 分子量: 23266.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACAEAIAJAKAMANAOAPAQATAWAXAHALARASAUAVAYAZA1A0ADAFAG
-タンパク質 , 10種, 10分子 A2A3A4joqPpuv
#16: タンパク質 | 分子量: 13498.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
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#27: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#28: タンパク質 | 分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
#58: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6 |
#60: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#61: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#66: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2 |
#81: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#85: タンパク質 | 分子量: 5549.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#86: タンパク質 | 分子量: 83578.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RP9 |
+39S ribosomal protein ... , 46種, 48分子 DFHKLMORSTWXYZ012348begimrJINU...
-DNA鎖 , 2種, 2分子 A5A7
#87: DNA鎖 | 分子量: 3183.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#88: DNA鎖 | 分子量: 20742.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 4種, 139分子
#89: 化合物 | ChemComp-MG / #90: 化合物 | ChemComp-ZN / #91: 化合物 | ChemComp-GDP / | #92: 化合物 | ChemComp-GCP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#88 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 69.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99804 / 対称性のタイプ: POINT |