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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfk
タイトルDe novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10 displaying 4 copies of BG505-SOSIP trimer on the surface
要素
  • BG505-SOSIP-T33_dn10A
  • T33_dn10B
キーワードDE NOVO PROTEIN / Nanoparticle / Rosetta / De novo protein design / HIV Env
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structural and functional evaluation of de novo-designed, two-component nanoparticle carriers for HIV Env trimer immunogens.
著者: Aleksandar Antanasijevic / George Ueda / Philip J M Brouwer / Jeffrey Copps / Deli Huang / Joel D Allen / Christopher A Cottrell / Anila Yasmeen / Leigh M Sewall / Ilja Bontjer / Thomas J ...著者: Aleksandar Antanasijevic / George Ueda / Philip J M Brouwer / Jeffrey Copps / Deli Huang / Joel D Allen / Christopher A Cottrell / Anila Yasmeen / Leigh M Sewall / Ilja Bontjer / Thomas J Ketas / Hannah L Turner / Zachary T Berndsen / David C Montefiori / Per Johan Klasse / Max Crispin / David Nemazee / John P Moore / Rogier W Sanders / Neil P King / David Baker / Andrew B Ward /
要旨: Two-component, self-assembling nanoparticles represent a versatile platform for multivalent presentation of viral antigens. Computational design of protein nanoparticles with differing sizes and ...Two-component, self-assembling nanoparticles represent a versatile platform for multivalent presentation of viral antigens. Computational design of protein nanoparticles with differing sizes and geometries enables combination with antigens of choice to test novel multimerization concepts in immunization strategies where the goal is to improve the induction and maturation of neutralizing antibody lineages. Here, we describe detailed antigenic, structural, and functional characterization of computationally designed tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticle immunogens displaying trimeric HIV envelope glycoprotein (Env) ectodomains. Env trimers, based on subtype A (BG505) or consensus group M (ConM) sequences and engineered with SOSIP stabilizing mutations, were fused to an underlying trimeric building block of each nanoparticle. Initial screening yielded one icosahedral and two tetrahedral nanoparticle candidates, capable of presenting twenty or four copies of the Env trimer. A number of analyses, including detailed structural characterization by cryo-EM, demonstrated that the nanoparticle immunogens possessed the intended structural and antigenic properties. When the immunogenicity of ConM-SOSIP trimers presented on a two-component tetrahedral nanoparticle or as soluble proteins were compared in rabbits, the two immunogens elicited similar serum antibody binding titers against the trimer component. Neutralizing antibody titers were slightly elevated in the animals given the nanoparticle immunogen and were initially more focused to the trimer apex. Altogether, our findings indicate that tetrahedral nanoparticles can be successfully applied for presentation of HIV Env trimer immunogens; however, the optimal implementation to different immunization strategies remains to be determined.
履歴
登録2020年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21185
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21185
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: T33_dn10B
A: BG505-SOSIP-T33_dn10A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3222
ポリマ－120,3222
非ポリマー00
水00
1
B: T33_dn10B
A: BG505-SOSIP-T33_dn10A
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,443,86524
ポリマ－1,443,86524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: T (正4面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 T33_dn10B


分子量: 31466.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 BG505-SOSIP-T33_dn10A


分子量: 88855.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10 displaying 4 copies of BG505-SOSIP trimer on the surface. Nanoparticle consists of 12 copies of both subunits (BG505-SOSIP-T33_dn10A and T33_dn10B)
タイプ: COMPLEX
詳細: Nanoparticle is assembled by combining equimolar amounts of BG505-SOSIP-T33_dn10A and T33_dn10B and subsequent incubation. Nanoparticle is purified from unassembled components by SEC
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F / プラスミド: pPPI4
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer, pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Nanoparticle is assembled by combining equimolar amounts of BG505-SOSIP-T33_dn10A and T33_dn10B and subsequent incubation. Nanoparticle is purified from unassembled components by SEC. Sample ...詳細: Nanoparticle is assembled by combining equimolar amounts of BG505-SOSIP-T33_dn10A and T33_dn10B and subsequent incubation. Nanoparticle is purified from unassembled components by SEC. Sample is then concentrated to 1.6mg/ml in TBS buffer.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: Blotting time varied in the 3-7 s range, Blotting force set to 0, Wait time of 10s.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 11.25 sec. / 電子線照射量: 49.39 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 798
画像スキャン動画フレーム数/画像: 45

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 25791 / 詳細: Template picking in cryoSPARC
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81105 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Model refinement was performed by iterative rounds of Rosetta relaxed refinement and manual refinement in Coot.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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