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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v22 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Ca2+-bound hsSlo1-beta4 channel complex | ||||||
要素 | (Calcium-activated potassium channel subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / High conductance Ca2+-activated K+ channel / Slo1 channel / BK channel / MaxiK channel / Slo1 beta subunit / beta4 subunit | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / regulation of neurotransmitter secretion / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / smooth muscle contraction involved in micturition ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / regulation of neurotransmitter secretion / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / action potential / voltage-gated potassium channel activity / cGMP effects / regulation of vasoconstriction / detection of calcium ion / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / caveola / regulation of membrane potential / potassium ion transport / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / synapse / membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tao, X. / MacKinnon, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Molecular structures of the human Slo1 K channel in complex with β4. 著者: Xiao Tao / Roderick MacKinnon / 要旨: Slo1 is a Ca- and voltage-activated K channel that underlies skeletal and smooth muscle contraction, audition, hormone secretion and neurotransmitter release. In mammals, Slo1 is regulated by ...Slo1 is a Ca- and voltage-activated K channel that underlies skeletal and smooth muscle contraction, audition, hormone secretion and neurotransmitter release. In mammals, Slo1 is regulated by auxiliary proteins that confer tissue-specific gating and pharmacological properties. This study presents cryo-EM structures of Slo1 in complex with the auxiliary protein, β4. Four β4, each containing two transmembrane helices, encircle Slo1, contacting it through helical interactions inside the membrane. On the extracellular side, β4 forms a tetrameric crown over the pore. Structures with high and low Ca concentrations show that identical gating conformations occur in the absence and presence of β4, implying that β4 serves to modulate the relative stabilities of 'pre-existing' conformations rather than creating new ones. The effects of β4 on scorpion toxin inhibition kinetics are explained by the crown, which constrains access but does not prevent binding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v22.cif.gz | 823.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v22.ent.gz | 688.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v22_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v22_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v22_validation.xml.gz | 143.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v22_validation.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Calcium-activated potassium channel subunit ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 119988.062 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 66-1121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, KCNMA, SLO / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12791 #2: タンパク質 | 分子量: 24991.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMB4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86W47 |
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-糖 , 1種, 8分子
#8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 92分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-POV / ( #6: 化合物 | ChemComp-CLR / #7: 化合物 | ChemComp-K / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hsSlo1 alpha subunit-beta4 subunit complex / タイプ: COMPLEX 詳細: human high conductance Ca2+-activated K+ channel Slo1 (BK) alpha subunit and beta4 subunit Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.58 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI- | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 8.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 74 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5410 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117791 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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