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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uuz | ||||||
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タイトル | Structure of ACLY in the presence of citrate and CoA | ||||||
要素 | ATP-citrate synthase | ||||||
キーワード | LYASE / enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Xuepeng, W. / Ronen, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Molecular basis for acetyl-CoA production by ATP-citrate lyase. 著者: Xuepeng Wei / Kollin Schultz / Gleb A Bazilevsky / Austin Vogt / Ronen Marmorstein / 要旨: ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report ...ATP-citrate lyase (ACLY) synthesizes cytosolic acetyl coenzyme A (acetyl-CoA), a fundamental cellular building block. Accordingly, aberrant ACLY activity is observed in many diseases. Here we report cryo-EM structures of human ACLY, alone or bound to substrates or products. ACLY forms a homotetramer with a rigid citrate synthase homology (CSH) module, flanked by four flexible acetyl-CoA synthetase homology (ASH) domains; CoA is bound at the CSH-ASH interface in mutually exclusive productive or unproductive conformations. The structure of a catalytic mutant of ACLY in the presence of ATP, citrate and CoA substrates reveals a phospho-citryl-CoA intermediate in the ASH domain. ACLY with acetyl-CoA and oxaloacetate products shows the products bound in the ASH domain, with an additional oxaloacetate in the CSH domain, which could function in ACLY autoinhibition. These structures, which are supported by biochemical and biophysical data, challenge previous proposals of the ACLY catalytic mechanism and suggest additional therapeutic possibilities for ACLY-associated metabolic disorders. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uuz.cif.gz | 752.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uuz.ent.gz | 611.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uuz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uuz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uuz_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6uuz_validation.xml.gz | 106.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uuz_validation.cif.gz | 161.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uuz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120852.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACLY / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P53396, ATP citrate synthase #2: 化合物 | ChemComp-COA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 非ポリマーの詳細 | The sample was made in the presence of citrate and CoA, however, the authors could not assign the ...The sample was made in the presence of citrate and CoA, however, the authors could not assign the density for citrate due to the flexbility of citrate binding | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ACLY, citrate and CoA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: cytoplasm |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pet24a |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 200 mM / 名称: Sodium Chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3624 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 716394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129563 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3MWD PDB chain-ID: A / Accession code: 3MWD / Source name: PDB / タイプ: experimental model |