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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6udj | |||||||||
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タイトル | HIV-1 bNAb 1-18 in complex with BG505 SOSIP.664 and 10-1074 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 broadly neutralizing antibody / Env / cryo-EM / bNAb / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Abernathy, M.E. / Barnes, C.O. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Restriction of HIV-1 Escape by a Highly Broad and Potent Neutralizing Antibody. 著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph ...著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph Kreer / Daniela Weiland / Udo Holtick / Christof Scheid / Markus M Valter / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Jörg J Vehreschild / Oliver A Cornely / Clara Lehmann / Gerd Fätkenheuer / Michael S Seaman / Jesse D Bloom / Pamela J Bjorkman / Florian Klein / 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits clinical applications. Here we describe 1-18, a new V1-46-encoded CD4 binding site (CD4bs) bNAb with outstanding breadth (97%) and potency (GeoMean IC = 0.048 μg/mL). Notably, 1-18 is not susceptible to typical CD4bs escape mutations and effectively overcomes HIV-1 resistance to other CD4bs bNAbs. Moreover, mutational antigenic profiling uncovered restricted pathways of HIV-1 escape. Of most promise for therapeutic use, even 1-18 alone fully suppressed viremia in HIV-1-infected humanized mice without selecting for resistant viral variants. A 2.5-Å cryo-EM structure of a 1-18-BG505 Env complex revealed that these characteristics are likely facilitated by a heavy-chain insertion and increased inter-protomer contacts. The ability of 1-18 to effectively restrict HIV-1 escape pathways provides a new option to successfully prevent and treat HIV-1 infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6udj.cif.gz | 613 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6udj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6udj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6udj_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6udj_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6udj_validation.xml.gz | 92.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6udj_validation.cif.gz | 145.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6udj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/6udj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 CMFGJP
#5: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / Cell (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q2N0S6 #6: タンパク質 | 分子量: 53864.086 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 32-505 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / Cell (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q2N0S6 |
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-抗体 , 4種, 12分子 AKQEOIBLRDNH
#1: 抗体 | 分子量: 25661.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B2B6 #2: 抗体 | 分子量: 25330.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIL8 #3: 抗体 | 分子量: 23180.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355 #4: 抗体 | 分子量: 53133.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 7種, 60分子
#7: 多糖 | #8: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #10: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #11: 多糖 | #12: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #13: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 45分子
#14: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: 0 blot force, 3.0 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow discharged grids |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1256 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230924 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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