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万見
- PDB-6u3g: Best fitting antiparallel model for Volume 2 of truncated dimeric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u3g
タイトルBest fitting antiparallel model for Volume 2 of truncated dimeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 14-399)
要素Cytohesin-3
キーワードENDOCYTOSIS / Arf GEF / Phosphoinositide binding / Sec7 Domain / PH Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of cell adhesion / bicellular tight junction / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction ...Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of cell adhesion / bicellular tight junction / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / Golgi membrane / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Cytohesin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 53 Å
データ登録者Das, S. / Lambright, D.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM056324 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Organization and Dynamics of Homodimeric Cytohesin Family Arf GTPase Exchange Factors in Solution and on Membranes.
著者: Sanchaita Das / Andrew W Malaby / Agata Nawrotek / Wenhua Zhang / Mahel Zeghouf / Sarah Maslen / Mark Skehel / Srinivas Chakravarthy / Thomas C Irving / Osman Bilsel / Jacqueline Cherfils / David G Lambright /
要旨: Membrane dynamic processes require Arf GTPase activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) with a Sec7 domain. Cytohesin family Arf GEFs function in signaling and cell migration through ...Membrane dynamic processes require Arf GTPase activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) with a Sec7 domain. Cytohesin family Arf GEFs function in signaling and cell migration through Arf GTPase activation on the plasma membrane and endosomes. In this study, the structural organization of two cytohesins (Grp1 and ARNO) was investigated in solution by size exclusion-small angle X-ray scattering and negative stain-electron microscopy and on membranes by dynamic light scattering, hydrogen-deuterium exchange-mass spectrometry and guanosine diphosphate (GDP)/guanosine triphosphate (GTP) exchange assays. The results suggest that cytohesins form elongated dimers with a central coiled coil and membrane-binding pleckstrin-homology (PH) domains at opposite ends. The dimers display significant conformational heterogeneity, with a preference for compact to intermediate conformations. Phosphoinositide-dependent membrane recruitment is mediated by one PH domain at a time and alters the conformational dynamics to prime allosteric activation by Arf-GTP. A structural model for membrane targeting and allosteric activation of full-length cytohesin dimers is discussed.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20629
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytohesin-3
B: Cytohesin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0044
ポリマ－93,0042
非ポリマー1,0002
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium centrifugation, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area45070 Å2

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要素

#1: タンパク質 Cytohesin-3 / ARF nucleotide-binding site opener 3 / Protein ARNO3 / General receptor of phosphoinositides 1 / ...ARF nucleotide-binding site opener 3 / Protein ARNO3 / General receptor of phosphoinositides 1 / Grp1 / PH / SEC7 and coiled-coil domain-containing protein 3


分子量: 46501.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 13-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYTH3, ARNO3, GRP1, PSCD3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43739
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Truncated homodimer of Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-399) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 8
詳細: Peak fractions after gel filtration were immediately diluted, applied to freshly glow discharged grids, and stained with uranyl formate.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
詳細: The sample is a uniform homodimer with significant conformational flexibility.
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with 0.75% (w/v) uranyl formate / 染色剤: Uranyl Formate
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM120T
詳細: specimen holder: FISCHIONE INSTRUMENTS DUAL AXIS TOMOGRAPHY HOLDER
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 28000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1200 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 500
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.12粒子像選択Particles were manually picked
2SerialEM画像取得
4EMAN22.12CTF補正
7ADP_EM0.99モデルフィッティング
12EMAN22.12分類
13EMAN22.12３次元再構成
画像処理詳細: Images were processed with EMAN2 after X-ray removal with IMOD
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6504 / 詳細: Particles were manually picked.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1863 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 15 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: The model with the best correlation coefficient was selected by ADP_EM from a pool of 10000 models generated by RRT_SAMPLE using rigid bodies derived from 2R09 (autoinhibited core, amino ...詳細: The model with the best correlation coefficient was selected by ADP_EM from a pool of 10000 models generated by RRT_SAMPLE using rigid bodies derived from 2R09 (autoinhibited core, amino acids 63-399) and a canonical antiparallel coiled coil (amino acids 18-53) built with CCBuilder. Flexible regions with reasonable geometry were modeled with MODELLER.
原子モデル構築PDB-ID: 2R09

2r09


PDB chain-ID: B / Accession code: 2R09 / Pdb chain residue range: 63-399 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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