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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tm2 | ||||||
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タイトル | Human MUC2 AAs 21-1397 | ||||||
要素 | (Mucin-2) x 3 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Glycoprotein / Extracellular / Polymer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion ...inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / detoxification of copper ion / cupric ion binding / Dectin-2 family / cuprous ion binding / extracellular matrix / Golgi lumen / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Javitt, G. / Khmelnitsky, L. / Albert, L. / Elad, N. / Ilani, T. / Diskin, R. / Fass, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. 著者: Gabriel Javitt / Lev Khmelnitsky / Lis Albert / Lavi Shlomo Bigman / Nadav Elad / David Morgenstern / Tal Ilani / Yaakov Levy / Ron Diskin / Deborah Fass / 要旨: The respiratory and intestinal tracts are exposed to physical and biological hazards accompanying the intake of air and food. Likewise, the vasculature is threatened by inflammation and trauma. Mucin ...The respiratory and intestinal tracts are exposed to physical and biological hazards accompanying the intake of air and food. Likewise, the vasculature is threatened by inflammation and trauma. Mucin glycoproteins and the related von Willebrand factor guard the vulnerable cell layers in these diverse systems. Colon mucins additionally house and feed the gut microbiome. Here, we present an integrated structural analysis of the intestinal mucin MUC2. Our findings reveal the shared mechanism by which complex macromolecules responsible for blood clotting, mucociliary clearance, and the intestinal mucosal barrier form protective polymers and hydrogels. Specifically, cryo-electron microscopy and crystal structures show how disulfide-rich bridges and pH-tunable interfaces control successive assembly steps in the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus. Remarkably, a densely O-glycosylated mucin domain performs an organizational role in MUC2. The mucin assembly mechanism and its adaptation for hemostasis provide the foundation for rational manipulation of barrier function and coagulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tm2.cif.gz | 418 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tm2.ent.gz | 342.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tm2_validation.pdf.gz | 910.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tm2_full_validation.pdf.gz | 920.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tm2_validation.xml.gz | 69.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tm2_validation.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tm2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 80356.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2, SMUC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02817 #2: タンパク質 | 分子量: 49830.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2, SMUC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02817 #3: タンパク質 | 分子量: 22724.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2, SMUC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02817 |
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-糖 , 2種, 6分子
#4: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 56分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bead complex of MUC2 D1D2D3CysD1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 5.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178136 / 対称性のタイプ: POINT |