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- PDB-6ta6: MexAB assembly of the Pseudomonas MexAB-OprM efflux pump reconsti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ta6
タイトルMexAB assembly of the Pseudomonas MexAB-OprM efflux pump reconstituted in nanodiscs
要素
  • Efflux pump membrane transporter
  • MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
  • Outer membrane protein OprM
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / transporter / efflux / proton motive force / bacterial resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding ...xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Helix hairpin bin / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein ...: / Helix hairpin bin / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Efflux pump membrane transporter / MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit / Multidrug resistance protein MexB / Multidrug resistance protein MexA / Outer membrane protein OprM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Glavier, M. / Schoehn, G. / Taveau, J.C. / Phan, G. / Daury, L. / Lambert, O. / Broutin, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0028-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Antibiotic export by MexB multidrug efflux transporter is allosterically controlled by a MexA-OprM chaperone-like complex.
著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / ...著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / Laetitia Daury / Isabelle Broutin / Olivier Lambert /
要旨: The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB ...The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB and of its Escherichia coli homolog AcrB had revealed asymmetric trimers depicting a directional drug pathway by a conformational interconversion (from Loose and Tight binding pockets to Open gate (LTO) for drug exit). It remains unclear how MexB acquires its LTO form. Here by performing functional and cryo-EM structural investigations of MexB at various stages of the assembly process, we unveil that MexB inserted in lipid membrane is not set for active transport because it displays an inactive LTC form with a Closed exit gate. In the tripartite complex, OprM and MexA form a corset-like platform that converts MexB into the active form. Our findings shed new light on the resistance nodulation cell division (RND) cognate partners which act as allosteric factors eliciting the functional drug extrusion.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10395
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein OprM
B: Outer membrane protein OprM
C: Outer membrane protein OprM
D: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
E: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
F: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
G: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
H: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
I: MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit
J: Efflux pump membrane transporter
K: Efflux pump membrane transporter
L: Efflux pump membrane transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,10512
ポリマ－733,10512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area73330 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area263610 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein OprM


分子量: 51737.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: trimer of OprM outer membrane factor / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: oprM, oprK, PA0427 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51487
#2: タンパク質
MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit


分子量: 39462.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: trimer of dimer of MexA membrane fusion protein / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: mexA, CAZ10_35280, CGU42_31245, DT376_09430, DZ934_11470, DZ962_14980, E4V10_16060, EFK68_29775, EQH76_08910, IPC3_09880, IPC669_14605
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V3GTR8, UniProt: P52477*PLUS
#3: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 113706.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: asymmetric trimer of the RND transporter MexB / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: mexB, mexB_1, C0044_03030, DZ934_11475, E4V10_16065, IPC3_09885, IPC669_14600, PAERUG_E15_London_28_01_14_02845, PAMH19_0483, RW109_RW109_01030
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9M6, UniProt: P52002*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MexA-MexB in nanodiscs interacting with oprm molecules
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 364914
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82432
詳細: After 3D alignment on MexB, an average map was calculated from the three aligned maps and a two-by-to comparison of the maps by FSC leads to 3.2 angstroems resolution
クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 163.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004950399
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.947268485
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05627983
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0078969
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.639918519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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