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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ta5 | ||||||
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タイトル | OprM-MexA complex from the MexAB-OprM Pseudomonas aeruginosa whole assembly reconstituted in nanodiscs | ||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / transporter / efflux / proton motive force / bacterial resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to chemical / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding ...response to chemical / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Glavier, M. / Schoehn, G. / Taveau, J.C. / Phan, G. / Daury, L. / Lambert, O. / Broutin, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antibiotic export by MexB multidrug efflux transporter is allosterically controlled by a MexA-OprM chaperone-like complex. 著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / ...著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / Laetitia Daury / Isabelle Broutin / Olivier Lambert / ![]() 要旨: The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB ...The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB and of its Escherichia coli homolog AcrB had revealed asymmetric trimers depicting a directional drug pathway by a conformational interconversion (from Loose and Tight binding pockets to Open gate (LTO) for drug exit). It remains unclear how MexB acquires its LTO form. Here by performing functional and cryo-EM structural investigations of MexB at various stages of the assembly process, we unveil that MexB inserted in lipid membrane is not set for active transport because it displays an inactive LTC form with a Closed exit gate. In the tripartite complex, OprM and MexA form a corset-like platform that converts MexB into the active form. Our findings shed new light on the resistance nodulation cell division (RND) cognate partners which act as allosteric factors eliciting the functional drug extrusion. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 883 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 974.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1015.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 161 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 247.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51737.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: trimer of the outer membrane factor OprM / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 39462.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: trimer of dimers of the membrane fusion protein MexA 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mexA, CAZ10_35280, CGU42_31245, DT376_09430, DZ934_11470, DZ962_14980, E4V10_16060, EFK68_29775, EQH76_08910, IPC3_09880, IPC669_14605 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 113706.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: trimer of the RND transporter MexB / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mexB, mexB_1, C0044_03030, DZ934_11475, E4V10_16065, IPC3_09885, IPC669_14600, PAERUG_E15_London_28_01_14_02845, PAMH19_0483, RW109_RW109_01030 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: MexAB-OprM in nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 364914 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35819 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 104.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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