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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6spf | |||||||||||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from an aminoglycoside resistant clinical isolate | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Pseudomonas aeruginosa | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Halfon, Y. / Jimenez-Fernande, A. / La Ros, R. / Espinos, R. / Krogh Johansen, H. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Bashan, A. / Zimmerman, E. / Belousoff, M. ...Halfon, Y. / Jimenez-Fernande, A. / La Ros, R. / Espinos, R. / Krogh Johansen, H. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Bashan, A. / Zimmerman, E. / Belousoff, M. / Molin, S. / Yonath, A. | |||||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structure of ribosomes from an aminoglycoside-resistant clinical isolate. 著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / ...著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / Søren Molin / Ada Yonath / 要旨: Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a ...Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a major target for clinically useful antibiotics. We report here the cryo-electron microscopy structures of the ribosome of a pathogenic aminoglycoside (AG)-resistant strain, as well as of a nonresistance strain isolated from a cystic fibrosis patient. The structural studies disclosed defective ribosome complex formation due to a conformational change of rRNA helix H69, an essential intersubunit bridge, and a secondary binding site of the AGs. In addition, a stable conformation of nucleotides A1486 and A1487, pointing into helix h44, is created compared to a non-AG-bound ribosome. We suggest that altering the conformations of ribosomal protein uL6 and rRNA helix H69, which interact with initiation-factor IF2, interferes with proper protein synthesis initiation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6spf.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6spf.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6spf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6spf_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6spf_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6spf_validation.xml.gz | 200.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6spf_validation.cif.gz | 352.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa
#1: RNA鎖 | 分子量: 935990.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 37679.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1384417243 |
#33: RNA鎖 | 分子量: 493068.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: GenBank: 1378074500 |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZ123456
-タンパク質 , 1種, 1分子 Y
#25: タンパク質 | 分子量: 6807.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#34: タンパク質 | 分子量: 25366.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A072ZPV8 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 23180.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A140S919 |
#36: タンパク質 | 分子量: 23116.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A072ZDF7 |
#37: タンパク質 | 分子量: 15761.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A241XG65 |
#38: タンパク質 | 分子量: 11613.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069Q263 |
#39: タンパク質 | 分子量: 17313.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A2V3F2U6 |
#40: タンパク質 | 分子量: 14001.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXT9 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14139.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069PXX1 |
#42: タンパク質 | 分子量: 10886.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXT0 |
#43: タンパク質 | 分子量: 12086.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXU4 |
#44: タンパク質 | 分子量: 13472.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071L394 |
#45: タンパク質 | 分子量: 12307.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXU3 |
#46: タンパク質 | 分子量: 11203.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXT8 |
#47: タンパク質 | 分子量: 9847.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071L3R7 |
#48: タンパク質 | 分子量: 8762.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A2V4FRZ2 |
#49: タンパク質 | 分子量: 8848.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXT5 |
#50: タンパク質 | 分子量: 6411.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A2V3DLV3 |
#51: タンパク質 | 分子量: 9182.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: E2RXT2 |
#52: タンパク質 | 分子量: 9497.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A072ZDZ9 |
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4209.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069QC99 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginos (緑膿菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 319022 / 対称性のタイプ: POINT |