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- PDB-6shl: Structure of a marine algae virus of the order Picornavirales -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6shl
タイトルStructure of a marine algae virus of the order Picornavirales
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / Picornavirales / Marnaviridae / icosahedral virus / algae virus / jelly roll
機能・相同性Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Predicted structural protein / Predicted structural protein
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Munke, A. / Tomaru, Y. / Kimura, K. / Okamoto, K.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03387 スウェーデン
Swedish Research Council2018-00421 スウェーデン
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Capsid Structure of a Marine Algal Virus of the Order .
著者: Anna Munke / Kei Kimura / Yuji Tomaru / Kenta Okamoto /
要旨: The order includes viruses that infect different kinds of eukaryotes and that share similar properties. The capsid proteins (CPs) of viruses in the order that infect unicellular organisms, such as ...The order includes viruses that infect different kinds of eukaryotes and that share similar properties. The capsid proteins (CPs) of viruses in the order that infect unicellular organisms, such as algae, presumably possess certain characteristics that have changed little over the course of evolution, and thus these viruses may resemble the ancestor in some respects. Herein, we present the capsid structure of RNA virus type II (CtenRNAV-II) determined using cryo-electron microscopy at a resolution of 3.1 Å, the first alga virus belonging to the family of the order A structural comparison to related invertebrate and vertebrate viruses revealed a unique surface loop of the major CP VP1 that had not been observed previously, and further, revealed that another VP1 loop obscures the so-called canyon, which is a host-receptor binding site for many of the mammalian viruses. VP2 has an N-terminal tail, which has previously been reported as a primordial feature of viruses. The above-mentioned and other critical structural features provide new insights on three long-standing theories about : (i) the canyon hypothesis, (ii) the primordial VP2 domain swap, and (iii) the hypothesis that alga viruses could share characteristics with the ancestor. Identifying the acquired structural traits in virus capsids is important for elucidating what functions are essential among viruses that infect different hosts. The viruses infect a broad spectrum of hosts, ranging from unicellular algae to insects and mammals and include many human pathogens. Those viruses that infect unicellular protists, such as algae, are likely to have undergone fewer structural changes during the course of evolution compared to those viruses that infect multicellular eukaryotes and thus still share some characteristics with the ancestor. This article describes the first atomic capsid structure of an alga , CtenRNAV-II. A comparison to capsid structures of the related invertebrate and vertebrate viruses identified a number of structural traits that have been functionally acquired or lost during the course of evolution. These observations provide new insights on past theories on the viability and evolution of viruses.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10200
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10200
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5684
ポリマ－89,5684
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,374,066240
ポリマ－5,374,066240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 29740.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B6VJB4
#2: タンパク質 VP2


分子量: 25911.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B6VJB4
#3: タンパク質 VP3


分子量: 28508.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B6VJB4
#4: タンパク質 VP4


分子量: 5406.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B6VMZ2, UniProt: A0A0B6VJB4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Chaetoceros tenuissimus
ウイルス殻名称: Capsid / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 140000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 29 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2592
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.15.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9920
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8315 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0096466
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.18822
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3953796
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.066970
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0091159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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