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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s8m | |||||||||
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タイトル | S. pombe microtubule decorated with Cut7 motor domain in the AMPPNP state | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / S. pombe (分裂酵母) / microtubule (微小管) / kinesin-5 (KIF11) / Cut7 motor domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic spindle pole body duplication / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Cilium Assembly / Platelet degranulation / RHO GTPases activate IQGAPs / mitotic spindle formation (spindle phase one) / mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Kinesins / initial mitotic spindle pole body separation / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration ...mitotic spindle pole body duplication / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Cilium Assembly / Platelet degranulation / RHO GTPases activate IQGAPs / mitotic spindle formation (spindle phase one) / mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Kinesins / initial mitotic spindle pole body separation / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / COPI-mediated anterograde transport / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / Neutrophil degranulation / meiotic spindle pole / meiotic spindle assembly / 有糸分裂 / mitotic spindle midzone assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle midzone / astral microtubule / spindle elongation / polar microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / plus-end-directed microtubule motor activity / 紡錘体 / microtubule associated complex / microtubule motor activity / intracellular distribution of mitochondria / cytoplasmic microtubule / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / 紡錘体 / 動原体 / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / hydrolase activity / 細胞分裂 / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Moores, C.A. / von Loeffelholz, O. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structure (4.5-Å) of Yeast Kinesin-5-Microtubule Complex Reveals a Distinct Binding Footprint and Mechanism of Drug Resistance. 著者: Ottilie von Loeffelholz / Alejandro Peña / Douglas Robert Drummond / Robert Cross / Carolyn Ann Moores / 要旨: Kinesin-5s are microtubule-dependent motors that drive spindle pole separation during mitosis. We used cryo-electron microscopy to determine the 4.5-Å resolution structure of the motor domain of the ...Kinesin-5s are microtubule-dependent motors that drive spindle pole separation during mitosis. We used cryo-electron microscopy to determine the 4.5-Å resolution structure of the motor domain of the fission yeast kinesin-5 Cut7 bound to fission yeast microtubules and explored the topology of the motor-microtubule interface and the susceptibility of the complex to drug binding. Despite their non-canonical architecture and mechanochemistry, Schizosaccharomyces pombe microtubules were stabilized by epothilone at the taxane binding pocket. The overall Cut7 footprint on the S. pombe microtubule surface is altered compared to mammalian tubulin microtubules because of their different polymer architectures. However, the core motor-microtubule interaction is tightly conserved, reflected in similar Cut7 ATPase activities on each microtubule type. AMPPNP-bound Cut7 adopts a kinesin-conserved ATP-like conformation including cover neck bundle formation. However, the Cut7 ATPase is not blocked by a mammalian-specific kinesin-5 inhibitor, consistent with the non-conserved sequence and structure of its loop5 insertion. #1: ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Corrigendum to "Cryo-EM Structure (4.5 Å) of Yeast Kinesin-5-Microtubule Complex Reveals a Distinct Binding Footprint and Mechanism of Drug Resistance" [J. Mol. Biol. 431 (2019) 864- ...タイトル: Corrigendum to "Cryo-EM Structure (4.5 Å) of Yeast Kinesin-5-Microtubule Complex Reveals a Distinct Binding Footprint and Mechanism of Drug Resistance" [J. Mol. Biol. 431 (2019) 864-872] https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.01.011. 著者: Ottilie von Loeffelholz / Alejandro Peña / Douglas Robert Drummond / Robert Cross / Carolyn Ann Moores / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s8m.cif.gz | 229.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s8m.ent.gz | 177.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/6s8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/6s8m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3527MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.1016/j.jmb.2019.01.011 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 KBA
#1: タンパク質 | 分子量: 48219.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: cut7, SPAC25G10.07c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P24339 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49518.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: nda3, alp12, SPBC26H8.07c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05219 |
#3: タンパク質 | 分子量: 51203.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: nda2, SPBC16A3.15c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P04688 |
-非ポリマー , 5種, 5分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#5: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#6: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#7: 化合物 | ChemComp-EPB / |
#8: 化合物 | ChemComp-GTP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Microtubule decorated with Cut7 motor domain and stabilized by epothilone-B タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: inside Frealign reconstruction procedure / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33007 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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