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万見
- PDB-6s3l: Structure of the core of the flagellar export apparatus from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s3l
タイトルStructure of the core of the flagellar export apparatus from Vibrio mimicus, the FliPQR-FlhB complex.
要素
  • Flagellar biosynthetic protein FlhB
  • Flagellar biosynthetic protein FliP
  • Flagellar biosynthetic protein FliQ
  • Flagellar biosynthetic protein FliR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / flagella (鞭毛) / T3SS / export apparatus / export gate
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthetic protein FlhB / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 ...Flagellar biosynthetic protein FlhB / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FliQ / Flagellar biosynthetic protein FlhB / Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliP
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kuhlen, L. / Johnson, S. / Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust109136 英国
Wellcome Trust201536 英国
Medical Research Council (United Kingdom)M011984 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The substrate specificity switch FlhB assembles onto the export gate to regulate type three secretion.
著者: Lucas Kuhlen / Steven Johnson / Andreas Zeitler / Sandra Bäurle / Justin C Deme / Joseph J E Caesar / Rebecca Debo / Joseph Fisher / Samuel Wagner / Susan M Lea /
要旨: Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins ...Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins (FliPQR in flagella, SctRST in virulence systems). A fourth essential T3SS protein (FlhB/SctU) functions to "switch" secretion substrate specificity once the growing hook/needle reach their determined length. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of an export gate containing the switch protein from a Vibrio flagellar system at 3.2 Å resolution. The structure reveals that FlhB/SctU extends the helical export gate with its four predicted transmembrane helices wrapped around FliPQR/SctRST. The unusual topology of the FlhB/SctU helices creates a loop wrapped around the bottom of the closed export gate. Structure-informed mutagenesis suggests that this loop is critical in gating secretion and we propose that a series of conformational changes in the T3SS trigger opening of the gate through interactions between FlhB/SctU and FliPQR/SctRST.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10093
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthetic protein FliP
B: Flagellar biosynthetic protein FliP
C: Flagellar biosynthetic protein FliP
D: Flagellar biosynthetic protein FliP
E: Flagellar biosynthetic protein FliP
F: Flagellar biosynthetic protein FliR
G: Flagellar biosynthetic protein FliQ
H: Flagellar biosynthetic protein FliQ
I: Flagellar biosynthetic protein FliQ
J: Flagellar biosynthetic protein FliQ
K: Flagellar biosynthetic protein FlhB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,52111
ポリマ－278,52111
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area53560 Å2
ΔGint-635 kcal/mol
Surface area62050 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 32431.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
遺伝子: fliP, AL544_009685 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2J9UXT5
#2: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 28764.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
遺伝子: AL544_009675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8S9I5
#3: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 10333.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
遺伝子: fliQ, AL544_009680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8S9F5
#4: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FlhB


分子量: 46265.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
遺伝子: flhB, AL544_009670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8S9F8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FliPQR-FlhB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.26 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Vibrio mimicus CAIM 602 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸C10H16N2O81
40.01 %LMNGC47H88O221
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: 10 seconds wait time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SIMPLE粒子像選択
2EPU画像取得
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1386230
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162408 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0114138
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.868719178
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05072359
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00662329
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.63058491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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