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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s12 | |||||||||
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タイトル | Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 50S ribosome (delta R88 A89 uL22). | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotics / resistance / Staphylococcus aureus / exit tunnel / RNA / rProteins / erythromycin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Halfon, Y. / Matozv, D. / Eyal, Z. / Bashan, A. / Zimmerman, E. / Kjeldgaard, J. / Ingmer, H. / Yonath, A. | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Exit tunnel modulation as resistance mechanism of S. aureus erythromycin resistant mutant. 著者: Yehuda Halfon / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Jette Kjeldgaard / Hanne Ingmer / Ada Yonath / 要旨: The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit ...The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit tunnel. Additional effective resistance mechanisms include deletion or insertion mutations in ribosomal protein uL22, which lead to alterations of the exit tunnel shape, located 16 Å away from the drug's binding site. We determined the cryo-EM structures of the Staphylococcus aureus 70S ribosome, and its ery bound complex with a two amino acid deletion mutation in its ß hairpin loop, which grants the bacteria resistance to ery. The structures reveal that, although the binding of ery is stable, the movement of the flexible shorter uL22 loop towards the tunnel wall creates a wider path for nascent proteins, thus enabling bypass of the barrier formed by the drug. Moreover, upon drug binding, the tunnel widens further. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s12.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s12.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6s12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s12_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s12_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6s12_validation.xml.gz | 160.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s12_validation.cif.gz | 261.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s12 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 940976.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1434110260 |
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.076 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145897 / 対称性のタイプ: POINT |