+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rn4 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ClpB (DWB mutant) bound to casein in presence of ATPgammaS - state WT-2B | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli HVH 50![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Deville, C. / Saibil, H.R. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Two-Step Activation Mechanism of the ClpB Disaggregase for Sequential Substrate Threading by the Main ATPase Motor. 著者: Célia Deville / Kamila Franke / Axel Mogk / Bernd Bukau / Helen R Saibil / ![]() ![]() 要旨: AAA+ proteins form asymmetric hexameric rings that hydrolyze ATP and thread substrate proteins through a central channel via mobile substrate-binding pore loops. Understanding how ATPase and ...AAA+ proteins form asymmetric hexameric rings that hydrolyze ATP and thread substrate proteins through a central channel via mobile substrate-binding pore loops. Understanding how ATPase and threading activities are regulated and intertwined is key to understanding the AAA+ protein mechanism. We studied the disaggregase ClpB, which contains tandem ATPase domains (AAA1, AAA2) and shifts between low and high ATPase and threading activities. Coiled-coil M-domains repress ClpB activity by encircling the AAA1 ring. Here, we determine the mechanism of ClpB activation by comparing ATPase mechanisms and cryo-EM structures of ClpB wild-type and a constitutively active ClpB M-domain mutant. We show that ClpB activation reduces ATPase cooperativity and induces a sequential mode of ATP hydrolysis in the AAA2 ring, the main ATPase motor. AAA1 and AAA2 rings do not work synchronously but in alternating cycles. This ensures high grip, enabling substrate threading via a processive, rope-climbing mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 728.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 595.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4942MC ![]() 4621C ![]() 4622C ![]() 4623C ![]() 4624C ![]() 4625C ![]() 4626C ![]() 4627C ![]() 4940C ![]() 4941C ![]() 6qs4C ![]() 6qs6C ![]() 6qs7C ![]() 6qs8C ![]() 6rn2C ![]() 6rn3C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 95734.172 Da / 分子数: 6 / 変異: E279A/E678A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: 4-2593475 / 遺伝子: clpB, G723_01503 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | ![]() 分子量: 1723.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-AGS / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / | ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.57 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1687 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 290830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29268 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1CIU Accession code: 1CIU / Source name: PDB / タイプ: experimental model |