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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r7x | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of calcium-bound human TMEM16K / Anoctamin 10 in detergent (2mM Ca2+, closed form) | |||||||||
![]() | Anoctamin-10 | |||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM ACTIVATION / TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellularly calcium-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / chloride channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Induction of Cell-Cell Fusion / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
![]() | Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Baronina, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S. / Shrestha, L. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. ...Pike, A.C.W. / Bushell, S.R. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Baronina, A. / Chu, A. / Mukhopadhyay, S. / Shrestha, L. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Love, J. / Huiskonen, J.T. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis of lipid scrambling and inactivation in the endoplasmic reticulum scramblase TMEM16K. 著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria ...著者: Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria Tessitore / Amy Chu / Qinrui Wang / Leela Shrestha / Shubhashish M M Mukhopadhyay / James D Love / Nicola A Burgess-Brown / Rebecca Sitsapesan / Phillip J Stansfeld / Juha T Huiskonen / Paolo Tammaro / Alessio Accardi / Elisabeth P Carpenter / ![]() ![]() ![]() 要旨: Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic ...Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic reticulum (ER) the scramblases have not been identified. Members of the TMEM16 family have either lipid scramblase or chloride channel activity. Although TMEM16K is widely distributed and associated with the neurological disorder autosomal recessive spinocerebellar ataxia type 10 (SCAR10), its location in cells, function and structure are largely uncharacterised. Here we show that TMEM16K is an ER-resident lipid scramblase with a requirement for short chain lipids and calcium for robust activity. Crystal structures of TMEM16K show a scramblase fold, with an open lipid transporting groove. Additional cryo-EM structures reveal extensive conformational changes from the cytoplasmic to the ER side of the membrane, giving a state with a closed lipid permeation pathway. Molecular dynamics simulations showed that the open-groove conformation is necessary for scramblase activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77276.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NW15 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-UMQ / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Anoctamin 10 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.153 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() プラスミド: PFB-CT10HF-LIC | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blot for 3.5sec prior to plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3421 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 300992 詳細: Particles count after a single round of 2D classification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70940 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 176 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coef 詳細: phenix.real_space_refine with NCS contraints, rotamer, cbeta and ramachandran restraints using postprocessed RELION3 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OC9 PDB chain-ID: A / Accession code: 5OC9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |