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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qy3 | ||||||
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タイトル | Segment of the Cas1-Cas2-Csn2-DNA filament complex from the Type II-A CRISPR-Cas system | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas / DNA binding / Nuclease / Adaptation / Spacer acquisition / Protein complex / Protein-DNA complex / Calcium / Metal-binding / Antiviral | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||
![]() | Wilkinson, M. / Drabavicius, G. / Silanskas, A. / Gasiunas, G. / Siksnys, V. / Wigley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the DNA-Bound Spacer Capture Complex of a Type II CRISPR-Cas System. 著者: Martin Wilkinson / Gediminas Drabavicius / Arunas Silanskas / Giedrius Gasiunas / Virginijus Siksnys / Dale B Wigley / ![]() 要旨: CRISPR and associated Cas proteins function as an adaptive immune system in prokaryotes to combat bacteriophage infection. During the immunization step, new spacers are acquired by the CRISPR ...CRISPR and associated Cas proteins function as an adaptive immune system in prokaryotes to combat bacteriophage infection. During the immunization step, new spacers are acquired by the CRISPR machinery, but the molecular mechanism of spacer capture remains enigmatic. We show that the Cas9, Cas1, Cas2, and Csn2 proteins of a Streptococcus thermophilus type II-A CRISPR-Cas system form a complex and provide cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of three different assemblies. The predominant form, with the stoichiometry Cas1-Cas2-Csn2, referred to as monomer, contains ∼30 bp duplex DNA bound along a central channel. A minor species, termed a dimer, comprises two monomers that sandwich a further eight Cas1 and four Cas2 subunits and contains two DNA ∼30-bp duplexes within the channel. A filamentous form also comprises Cas1-Cas2-Csn2 units (typically 2-6) but with a different Cas1-Cas2 interface between them and a continuous DNA duplex running along a central channel. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 963.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 996.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1000.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 187.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 323.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-CRISPR-associated ... , 3種, 52分子 ABCDEFGHabcdefghIJLMOPRSUVYZij...
#1: タンパク質 | 分子量: 25533.473 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csn2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 35363.461 Da / 分子数: 24 / Mutation: C-terminal Strep tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G3ECR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: タンパク質 | 分子量: 13431.560 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G3ECR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#4: DNA鎖 | 分子量: 20031.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Mixed long fragments of DNA pulled from the cells represented as a poly-T chain. 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 20626.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Mixed long fragments of DNA pulled from the cells represented as a poly-A chain. 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 16分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.53 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: Buffer solution was filtered | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was DNaseI treated followed by gel filtration. Peak fractions were concentrated prior to making grids. | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 15 s wait time, 1 s blot time. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 129032 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 92.8 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4908 / 詳細: Images were collected in movie mode with 39 frames |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 349809 詳細: Reproductions of an initial ab initio generated 3D reconstruction were used as templates for auto picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66576 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL Target criteria: Correlation coefficient and visual inspection 詳細: Rigid-body refinement in PHENIX of the higher resolution models, only the idealised linear DNA was subjected to jelly-body refinement in Refmac | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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