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万見
- PDB-6qpw: Structural basis of cohesin ring opening -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpw
タイトルStructural basis of cohesin ring opening
要素
  • (Sister chromatid cohesion protein ...) x 2
  • (Structural maintenance of chromosomes ...) x 2
キーワードCELL CYCLE / Chromatin / genome segregation / cohesin
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / synaptonemal complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / synaptonemal complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / mitotic cell cycle / double-stranded DNA binding / cell division / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosome 1. Chain E / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein ...Structural maintenance of chromosome 1. Chain E / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Structural maintenance of chromosomes protein / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Panne, D. / Muir, K.W. / Li, Y. / Weis, F.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The structure of the cohesin ATPase elucidates the mechanism of SMC-kleisin ring opening.
著者: Kyle W Muir / Yan Li / Felix Weis / Daniel Panne /
要旨: Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring- ...Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring-shaped complex that can topologically engage chromatin to regulate chromatin structure. Release from chromatin involves opening of the ring at the Smc3-Scc1 interface in a reaction that is controlled by acetylation and engagement of the Smc ATPase head domains. To understand the underlying molecular mechanisms, we have determined the 3.2-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the ATPγS-bound, heterotrimeric cohesin ATPase head module and the 2.1-Å resolution crystal structure of a nucleotide-free Smc1-Scc1 subcomplex from Saccharomyces cerevisiae and Chaetomium thermophilium. We found that ATP-binding and Smc1-Smc3 heterodimerization promote conformational changes within the ATPase that are transmitted to the Smc coiled-coil domains. Remodeling of the coiled-coil domain of Smc3 abrogates the binding surface for Scc1, thus leading to ring opening at the Smc3-Scc1 interface.
履歴
登録2019年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4616
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
B: Sister chromatid cohesion protein 1
C: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
E: Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,4998
ポリマ－140,4044
非ポリマー1,0954
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14430 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area39520 Å2
手法PISA

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要素

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Structural maintenance of chromosomes ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein


分子量: 27570.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0066330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGH3
#3: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3 / DA-box protein SMC3


分子量: 61051.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SMC3, YJL074C, J1049 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47037

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Sister chromatid cohesion protein ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 9489.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158
#4: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein


分子量: 42292.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04, CTHT_0066330
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158, UniProt: G0SGH3

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cohesin ATPase head moduleCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Sister chromatid cohesion protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3COMPLEX#2-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)759272
23Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42.08 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
12RELION2.1b３次元再構成
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178162 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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