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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q06 | |||||||||
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タイトル | MERS-CoV S structure in complex with 2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine | |||||||||
要素 | Spike glycoproteinスパイクタンパク質 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / MERS-CoV (MERSコロナウイルス) / membrane fusion / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Park, Y.J. / Walls, A.C. / Wang, Z. / Sauer, M. / Li, W. / Tortorici, M.A. / Bosch, B.J. / DiMaio, F.D. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of MERS-CoV spike glycoprotein in complex with sialoside attachment receptors. 著者: Young-Jun Park / Alexandra C Walls / Zhaoqian Wang / Maximillian M Sauer / Wentao Li / M Alejandra Tortorici / Berend-Jan Bosch / Frank DiMaio / David Veesler / 要旨: The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes severe and often lethal respiratory illness in humans, and no vaccines or specific treatments are available. Infections are ...The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes severe and often lethal respiratory illness in humans, and no vaccines or specific treatments are available. Infections are initiated via binding of the MERS-CoV spike (S) glycoprotein to sialosides and dipeptidyl-peptidase 4 (the attachment and entry receptors, respectively). To understand MERS-CoV engagement of sialylated receptors, we determined the cryo-EM structures of S in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid, 5-N-glycolyl neuraminic acid, sialyl-Lewis, α2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine and α2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine at 2.7-3.0 Å resolution. We show that recognition occurs via a conserved groove that is essential for MERS-CoV S-mediated attachment to sialosides and entry into human airway epithelial cells. Our data illuminate MERS-CoV S sialoside specificity and suggest that selectivity for α2,3-linked over α2,6-linked receptors results from enhanced interactions with the former class of oligosaccharides. This study provides a structural framework explaining MERS-CoV attachment to sialoside receptors and identifies a site of potential vulnerability to inhibitors of viral entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q06.cif.gz | 705.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q06.ent.gz | 578.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/6q06 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 149172.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K0BRG7 |
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-糖 , 7種, 54分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 219分子
#9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MERS-CoV S ectodomain in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34458 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BN3 |