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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pzy | |||||||||
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タイトル | CryoEM derived model of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2 | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neuraminidase / NA / Sh2 / N9Shanghai / N9Sh2 / antibody / Fab / NA-73 / Influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / H7N9 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
![]() | Ward, A.B. / Turner, H.L. / Zhu, X. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies. 著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson / ![]() 要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 503.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 402.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 20540MC ![]() 6pzdC ![]() 6pzeC ![]() 6pzfC ![]() 6pzgC ![]() 6pzhC ![]() 6pzwC ![]() 6pzzC ![]() 6u02C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABEF
#1: タンパク質 | 分子量: 48214.508 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 37-465 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9) / 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: S5MF06, exo-alpha-sialidase |
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-抗体 , 2種, 8分子 CGHIDJKL
#2: 抗体 | 分子量: 24822.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 22792.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157751 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5L14 |