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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pik | ||||||
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タイトル | Tetrameric cryo-EM ArnA | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIBIOTIC / Polymyxin resistance / hexamer / tetramer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process ...: / UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, M. / Gehring, K. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-electron microscopy structures of ArnA, a key enzyme for polymyxin resistance, revealed unexpected oligomerizations and domain movements. 著者: Meng Yang / Yu Seby Chen / Muneyoshi Ichikawa / Daniel Calles-Garcia / Kaustuv Basu / Rayan Fakih / Khanh Huy Bui / Kalle Gehring / 要旨: Gram-negative bacteria evade the attack of cationic antimicrobial peptides through modifying their lipid A structure in their outer membranes with 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (Ara4N). ArnA is a ...Gram-negative bacteria evade the attack of cationic antimicrobial peptides through modifying their lipid A structure in their outer membranes with 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (Ara4N). ArnA is a crucial enzyme in the lipid A modification pathway and its deletion abolishes the polymyxin resistance of gram-negative bacteria. Previous studies by X-ray crystallography have shown that full-length ArnA forms a three-bladed propeller-shaped hexamer. Here, the structures of ArnA determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveal that ArnA exists in two 3D architectures, hexamer and tetramer. This is the first observation of a tetrameric ArnA. The hexameric cryo-EM structure is similar to previous crystal structures but shows differences in domain movements and conformational changes. We propose that ArnA oligomeric states are in a dynamic equilibrium, where the hexamer state is energetically more favorable, and its domain movements are important for cooperating with downstream enzymes in the lipid A-Ara4N modification pathway. The results provide us with new possibilities to explore inhibitors targeting ArnA. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pik.cif.gz | 473.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pik.ent.gz | 389.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pik_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pik_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pik_validation.xml.gz | 77.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pik_validation.cif.gz | 107.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pik | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32717.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 遺伝子: arnA, EIT12_05710 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3W2RQG2, UniProt: P77398*PLUS, UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase, UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) #2: タンパク質 | 分子量: 40057.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 遺伝子: arnA, BvCmsC61A_03676 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A479JW67, UniProt: P77398*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ArnA / タイプ: COMPLEX / 詳細: Full length ArnA from E.coli / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.44 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38127 / 対称性のタイプ: POINT |