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万見
- PDB-6p5a: Drosophila P element transposase strand transfer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5a
タイトルDrosophila P element transposase strand transfer complex
要素
  • (Transposable element P ...) x 2
  • DNA (44-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / transposase / Strand Transfer Complex / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-element binding / transposase activity / DNA transposition / DNA integration / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain / THAP-type zinc finger superfamily / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. ...87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain / THAP-type zinc finger superfamily / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Transposable element P transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kellogg, E.H. / Nogales, E. / Ghanim, G. / Rio, D.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)K99GM124463 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM118121 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of a P element transposase-DNA complex reveals unusual DNA structures and GTP-DNA contacts.
著者: George E Ghanim / Elizabeth H Kellogg / Eva Nogales / Donald C Rio /
要旨: P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a ...P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a guanosine triphosphate cofactor and the generation of long staggered DNA breaks during transposition. To gain insights into these features, we determined the atomic structure of the Drosophila P element transposase strand transfer complex using cryo-EM. The structure of this post-transposition nucleoprotein complex reveals that the terminal single-stranded transposon DNA adopts unusual A-form and distorted B-form helical geometries that are stabilized by extensive protein-DNA interactions. Additionally, we infer that the bound guanosine triphosphate cofactor interacts with the terminal base of the transposon DNA, apparently to position the P element DNA for catalysis. Our structure provides the first view of the P element transposase superfamily, offers new insights into P element transposition and implies a transposition pathway fundamentally distinct from other cut-and-paste DNA transposases.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20254
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposable element P transposase
B: Transposable element P transposase
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
E: DNA (44-MER)
G: Transposable element P transposase
H: Transposable element P transposase
I: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
K: DNA (44-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,23416
ポリマ－245,09010
非ポリマー1,1446
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area36480 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area60190 Å2

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要素

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Transposable element P ... , 2種, 4分子 AGBH

#1: タンパク質 Transposable element P transposase / P-element transposase / THAP domain-containing protein / DmTHAP


分子量: 65525.992 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-569) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7M3K2, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 Transposable element P transposase / P-element transposase / THAP domain-containing protein / DmTHAP


分子量: 16086.797 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 613-747) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7M3K2, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 3種, 6分子 CIDJEK

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4827.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 11704.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#5: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 24400.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
310 mMmagnesium acetateMgC4H6O41
410 uMzinc sulfateZnSO41
50.5 mMTCEPC9H15O6P1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 4 microliters of concentrated STC complex was applied to a Quantifoil 1.2/1.3 UltraAuFoil grid. After a 30 second incubation, the sample was blotted using blot force of 8 pN and a blot time of 6 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA / 詳細: Dataset collected at 40 degree tilt.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1857
画像スキャン横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 39

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION3最終オイラー角割当beta version
12RELION3３次元再構成beta
13Rosettaモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 253209 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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