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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oy3 | ||||||
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タイトル | nhTMEM16 L302A +Ca2+ in nanodiscs | ||||||
要素 | nhTMEM16 | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / TMEM16 / scramblase / anoactamin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nectria haematococca (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Falzone, M. / Lee, B.C. / Accardi, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Dynamic modulation of the lipid translocation groove generates a conductive ion channel in Ca-bound nhTMEM16. 著者: George Khelashvili / Maria E Falzone / Xiaolu Cheng / Byoung-Cheol Lee / Alessio Accardi / Harel Weinstein / 要旨: Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein ...Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein structures, but how these conformations form, and what functions they support, remains unknown. From analyses of atomistic molecular dynamics simulations of Ca-bound nhTMEM16 we find that the mechanism of a conformational transition of the groove from membrane-exposed to occluded from the membrane involves the repositioning of transmembrane helix 4 (TM4) following its disengagement from a TM3/TM4 interaction interface. Residue L302 is a key element in the hydrophobic TM3/TM4 interaction patch that braces the open-groove conformation, which should be changed by an L302A mutation. The structure of the L302A mutant determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals a partially closed groove that could translocate ions, but not lipids. This is corroborated with functional assays showing severely impaired lipid scrambling, but robust channel activity by L302A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oy3.cif.gz | 217.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oy3.ent.gz | 173.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oy3_validation.pdf.gz | 879.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6oy3_full_validation.pdf.gz | 892.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oy3_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oy3_validation.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83157.930 Da / 分子数: 2 / 変異: L302A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nectria haematococca (strain 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI) (菌類) 株: 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI / 遺伝子: NECHADRAFT_66456 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: C7Z7K1 #2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+ タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 166 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Nectria haematococca mpVI (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+ |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47243 / 対称性のタイプ: POINT |