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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ojq | ||||||
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タイトル | Monomeric kinesin-1 motor domain in no-nucleotide state bound to GMPCPP-stabilized microtubule | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / Kinesin / Microtubule | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / mitocytosis / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / vesicle transport along microtubule / lysosome localization ...cytoplasm organization / cytolytic granule membrane / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / mitocytosis / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde neuronal dense core vesicle transport / anterograde axonal protein transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / vesicle transport along microtubule / lysosome localization / positive regulation of potassium ion transport / natural killer cell mediated cytotoxicity / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / RHO GTPases activate KTN1 / stress granule disassembly / positive regulation of axon guidance / mitochondrion transport along microtubule / ciliary rootlet / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / centrosome localization / microtubule motor activity / kinesin complex / synaptic vesicle transport / Insulin processing / microtubule-based movement / microtubule-based process / centriolar satellite / axon cytoplasm / phagocytic vesicle / MHC class II antigen presentation / dendrite cytoplasm / regulation of membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule binding / vesicle / microtubule / cadherin binding / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | ||||||
データ登録者 | Cha, H.K. / Debs, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Intermediates of the Dimeric Kinesin Stepping Cycle Revealed by Cryo-EM 著者: Cha, H.K. / Debs, G. / Liu, X. / Liu, D. / Sindelar, C.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ojq.cif.gz | 417.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ojq.ent.gz | 332.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ojq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ojq_validation.pdf.gz | 915.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ojq_full_validation.pdf.gz | 923.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ojq_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ojq_validation.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 BAK
#1: タンパク質 | 分子量: 47825.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48665.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947 |
#3: タンパク質 | 分子量: 35445.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF5B, KNS, KNS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33176 |
-非ポリマー , 3種, 4分子
#4: 化合物 | ChemComp-G2P / | ||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monomeric kinesin-1 motor domain in the no-nucleotide state bound to GMPCPP-stabilized microtubules タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.625 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 403424 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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