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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mwx | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-69 Antibody | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / Alphavirus / EEEV / Eastern Equine Encephalitis Virus / Sindbis / Fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hasan, S.S. / Sun, C. / Kim, A.S. / Watanabe, Y. / Chen, C.L. / Klose, T. / Buda, G. / Crispin, M. / Diamond, M.S. / Klimstra, W.B. / Rossmann, M.G. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization. 著者: S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann / 要旨: Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mwx.cif.gz | 896.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mwx.ent.gz | 738.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mwx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mwx_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mwx_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6mwx_validation.xml.gz | 165.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mwx_validation.cif.gz | 241.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9279MC 9249C 9274C 9275C 9278C 9280C 9281C 6muiC 6mw9C 6mwcC 6mwvC 6mx4C 6mx7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47938.141 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 802-1242) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) Cell (発現宿主): BHK-15 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: E9KXM2, UniProt: Q4QXJ7*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 47046.953 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 325-744) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) Cell (発現宿主): BHK-15 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: E9KXL2, UniProt: Q4QXJ7*PLUS #3: 抗体 | 分子量: 23743.719 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 抗体 | 分子量: 23177.713 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G0YP42 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: HELIUM / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 31 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5964 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |