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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m04 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms | |||||||||
要素 | Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 ...Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakamura, R. / Kasuya, G. / Yokoyama, T. / Shirouzu, M. / Ishitani, R. / Nureki, O. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation. 著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / ...著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / Hidenori Ichijo / Masahide Kikkawa / Mikako Shirouzu / Thomas J Jentsch / Ryuichiro Ishitani / Yasunobu Okada / Osamu Nureki / 要旨: Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at ...Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at least one of the other LRRC8 isoforms assemble into heteromers to generate VRAC transport activities. Despite the availability of the LRRC8A structures, the structural basis of how LRRC8 isoforms other than LRRC8A contribute to the functional diversity of VRAC has remained elusive. Here, we present the structure of the human LRRC8D isoform, which enables the permeation of organic substrates through VRAC. The LRRC8D homo-hexamer structure displays a two-fold symmetric arrangement, and together with a structure-based electrophysiological analysis, revealed two key features. The pore constriction on the extracellular side is wider than that in the LRRC8A structures, which may explain the increased permeability of organic substrates. Furthermore, an N-terminal helix protrudes into the pore from the intracellular side and may be critical for gating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m04.cif.gz | 756.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m04.ent.gz | 620.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m04_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m04_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6m04_validation.xml.gz | 116.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m04_validation.cif.gz | 176.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m04 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 30029MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10383 (タイトル: CryoEM structure of human LRRC8D / Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned movies of human LRRC8D isoform [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99311.180 Da / 分子数: 6 / 変異: L810F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC8D, LRRC5, UNQ213/PRO239 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GntI- / 参照: UniProt: Q7L1W4 Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: The solution was freshly prepared to avoid digitonin precipitation. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Specimen holder is FEI Talos Arctica autogrid holder. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 23500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 79.55 K / 最低温度: 79.55 K |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3397 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247154 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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