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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l2t | ||||||
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タイトル | African swine fever virus major capsid protein p72 | ||||||
要素 | B646L,Major capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / African Swine Fever virus capsomer / Trisymmetron / NCLDV | ||||||
機能・相同性 | Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, N. / Rao, Z. / Wang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Architecture of African swine fever virus and implications for viral assembly. 著者: Nan Wang / Dongming Zhao / Jialing Wang / Yangling Zhang / Ming Wang / Yan Gao / Fang Li / Jingfei Wang / Zhigao Bu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / 要旨: African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image ...African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image reconstruction strategy, we solved the ASFV capsid structure up to 4.1 angstroms, which is built from 17,280 proteins, including one major (p72) and four minor (M1249L, p17, p49, and H240R) capsid proteins organized into pentasymmetrons and trisymmetrons. The atomic structure of the p72 protein informs putative conformational epitopes, distinguishing ASFV from other nucleocytoplasmic large DNA viruses. The minor capsid proteins form a complicated network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by holding adjacent capsomers together. Acting as core organizers, 100-nanometer-long M1249L proteins run along each edge of the trisymmetrons that bridge two neighboring pentasymmetrons and form extensive intermolecular networks with other capsid proteins, driving the formation of the capsid framework. These structural details unveil the basis of capsid stability and assembly, opening up new avenues for African swine fever vaccine development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l2t.cif.gz | 313.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l2t.ent.gz | 249.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l2t_validation.pdf.gz | 778 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l2t_full_validation.pdf.gz | 789.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l2t_validation.xml.gz | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l2t_validation.cif.gz | 77.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73219.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 参照: UniProt: Q5IZK2*PLUS 配列の詳細 | Authors state that this intact virus sequence data were deposited in GenBank with the accession ...Authors state that this intact virus sequence data were deposited in GenBank with the accession numbers from MK333180 to MK333192. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: African swine fever virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43811 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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