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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kxs | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / pentamer / transcytosis / secreted | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hexameric IgM immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex ...hexameric IgM immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding / glomerular filtration / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / IgM immunoglobulin complex / pre-B cell allelic exclusion / CD22 mediated BCR regulation / azurophil granule membrane / receptor clustering / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / blood microparticle / immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Li, Y. / Wang, G. / Xiao, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into immunoglobulin M. 著者: Yaxin Li / Guopeng Wang / Ningning Li / Yuxin Wang / Qinyu Zhu / Huarui Chu / Wenjun Wu / Ying Tan / Feng Yu / Xiao-Dong Su / Ning Gao / Junyu Xiao / ![]() 要旨: Immunoglobulin M (IgM) plays a pivotal role in both humoral and mucosal immunity. Its assembly and transport depend on the joining chain (J-chain) and the polymeric immunoglobulin receptor (pIgR), ...Immunoglobulin M (IgM) plays a pivotal role in both humoral and mucosal immunity. Its assembly and transport depend on the joining chain (J-chain) and the polymeric immunoglobulin receptor (pIgR), but the underlying molecular mechanisms of these processes are unclear. We report a cryo-electron microscopy structure of the Fc region of human IgM in complex with the J-chain and pIgR ectodomain. The IgM-Fc pentamer is formed asymmetrically, resembling a hexagon with a missing triangle. The tailpieces of IgM-Fc pack into an amyloid-like structure to stabilize the pentamer. The J-chain caps the tailpiece assembly and bridges the interaction between IgM-Fc and the polymeric immunoglobulin receptor, which undergoes a large conformational change to engage the IgM-J complex. These results provide a structural basis for the function of IgM. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 510.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 132.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.766 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 15483.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 61371.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and pIgR/SC タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59.74 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1183008 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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